پاسخ امام‌خمينى به نويسنده كتاب اسرار هزار ساله، به‌صراحت روشن مى‌كند كه امام از همان سال‌ها معتقد به اصل ولايت‌فقيه بوده‌اند. ايشان در پاسخ به گفته حكمى‌زاده كه «طبق مبانى فقهى هم اين ادعا كه حكومت، حق فقيه است، هيچ دليلى ندارد»، با استناد به برخى از رواياتى كه ولايت را از آنِ فقها مى‌داند، گفته نويسنده كتاب اسرار هزار ساله را بى‌پايه و اساس مى‌داند.[١]

طبيعى است وقتى شرايط براى تشكيل حكومت اسلامى و قرار گرفتن فقيه عادل و آگاه در جايگاه ولايت‌فقيه مهيا نباشد، بايد به كمتر از آن راضى بود. به همين دليل ايشان مى‌فرمايند:

مجتهدين هيچ‌وقت با نظام مملكت و با استقلال ممالك اسلامى مخالفت نكردند. فرضاً كه اين قوانين را برخلاف دستورات خدايى بدانند و حكومت را جائرانه تشخيص دهند، باز مخالفت با آن نكرده و نمى‌كنند؛ زيرا كه اين نظام پوسيده را باز بهتر مى‌دانند از نبودنش ... با آنكه جز سلطنت خدايى، همه سلطنت‌ها برخلاف مصلحت مردم و جور است و جز قانون خدايى، همه قوانين باطل و بيهوده است، ولى آنها همين بيهوده را هم تا نظام بهترى نشود تأسيس كرد، محترم مى‌شمارند و لغو نمى‌كنند .... البته تشكيلاتى كه بر اساس احكام خدا و عدل الهى تأسيس شود، بهترين تشكيلات است، لكن اكنون كه آن را از آنها نمى‌پذيرند، اينها هم با اين نيمه‌تشكيلات، هيچ‌گاه مخالفت نكرده و اساس حكومت را نخواستند به‌هم بزنند و اگر گاهى هم با شخص سلطانى مخالفت كردند، مخالفت با همان شخص بوده از باب آنكه بودن او را مخالف صلاح كشور تشخيص دادند ....[٢]

امام‌خمينى در سال ١٣٣٠ در كتاب الاجتهاد و التقليد، حكومت و رياست را

[١]. سيدروح‌الله موسوى‌خمينى( امام)، كشف الاسرار، ص ١٨٧ و ١٨٨.

[٢]. همان، ص ١٨٩.