ايشان در دوران حكومت سلطان طهماسب صفوى(٩٣٠ ـ ٩٨٤ ق) (٢) مدتى در قزوين بود وسلطان در محضر او نشست ها ومذاكرات علمى منعقد نمود، وخود و ديگران از فيوضات علوم او بهره مند مى شدند. مرحوم نورى(م ١٣٢٠ ق ) از مرحوم ميرزا عبد اللّه‌ افندى در شرح حال مؤلف چنين مى نگارد:

طلاب علوم دينى از همه سو بلكه علما و فقها، از اطراف و اكناف بلاد، از اهل ايران و توران، جهت مقابله حديث و استفاده علوم دينى و تحقيق معارف شرعى رو به او آوردند.

سپس ايشان از هرات به قزوين آمدند و از سلطان طهماسب جهت زيارت خانه خدا هم براى خويش و هم براى فرزندش(شيخ بهايى) رخصت خواستند و سلطان فقط به ايشان اجازه سفر داد. (٣)

استاد علامه سيد محمد حسين جلالى گفتند:

از اين عبارت چنين بر مى آيد كه هر دو بزرگوار از منصب شيخ الاسلامى كه بر آنها تحميل شده بود كراهت داشته و سعى داشتند كه از آن رهايى يابند (٤) .

مرحوم شيخ حسين پس از عمرى تلاش و خدمت به مكتب اهل بيت(ع) در بحرين استقرار يافت و در آنجا منبع فيض براى عموم طبقات مردم و بالاخص شيعيان و علماى آن ديار قرار گرفت. پس از اقامتى كوتاه در آن ديار در سال ٩٨٥ ق دعوت حق را لبيك گفته و پيكر مطهر او در منطقه‌اى به نام «المصلّى» يكى از روستاهاى «هجر» به خاك سپرده شد.

از آن زمان تا كنون مرقد پاك آن شخصيت والا، مزار عارفان و مشتاقان و شيعيان بحرين مى‌باشد. درباره درگذشت اين پدر مهربان، فرزندش شيخ بهايى اشعارى را سروده كه حكايت گر عمق ارادت و محبت و احترام او نسبت به مقام والاى پدر بزرگوارش است:

(٢) سلطان طهماسب صفوى از سلاطين ايران در سال ٩٣٠ تا سال ٩٨٤ بود، در دوران سلطنت ايشان در بلاد ،امنيت داخلى برقرار شد، و دو اتفاق مهم به وقوع پيوست: ١. در سال ٩٣٥ لشكر كشى او به خراسان جهت سركوب ازبك‌ها. ٢. در سال ٩٦٨ صلح با دولت عثمانى كه پس از جنگ‌هاى طولانى، هر دو كشور را خسته وناتوان كرده بود .
(٣) مستدرك الوسائل ، ج٣، ص٤٢١.
(٤) مراجعه شود به مقدمه ى نور الحقيقة ونور الحديقه،ص ٩.