وإن كان هناك ما يشجي حلوقهم فهو اغتصاب بيت المقدس، ولذا كانت القضية الفلسطينية من أهم القضايا التي اهتم بها الإمام الخميني بعد تأسيس الدولة الإسلامية، ولذا في شهر رمضان من عام ١٣٩٩ ه- دعا الإمام الخميني إلى اتخاذ آخر جمعة من شهر رمضان يوماً عالمياً للقدس بما نصه:" إنني أدعو جميع المسلمين في العالم إلى جعل يوم الجمعة الأخيرة من شهر رمضان المبارك يوماً للإعلان عن تضامنهم ودعم للشعب الفلسطيني المسلم‌"، فأسرع العلماء وخطباء المنبر الحسيني بالإستجابة لنداء الإمام وأمره بطرح القضية الفلسطينية واغتصاب اليهود لبيت المقدس، وأمّا سماحة الشيخ فكان موقفه مشهوداً حيث ألقى دعاءً بهذه المناسبة في المسجد الذي يصلي فيه في الدراز وهو مسجد الشيخ محسن، قد نشر الدعاء كاملًا في مجلة المواقف بتاريخ ٢٢/ ٨/ ١٩٧٩ م، مع صورة للإمام الخميني وصورة أخرى لسماحة الشيخ عيسى قاسم، والنشر كان كالتالي:

الدعاء الذي ألقاه سماحة الشيخ عيسى أحمد قاسم في مسجد الشيخ محسن بالدراز بمناسبة ليلة القدر وجمعة القدس التي دعا لها آية الله السيد الخميني:

" اللهمَّ أخِف اليهود كما أخافوا عبادك الآمنين، اللهمَّ انصر عبدك وابن عبدك المحامي عن دينك والمجاهد في سبيلك والمناهض لأعدائك، المنتصر لأوليائك، الناشر للواء شريعتك، المحيي لسنة نبيك، الساعي في الأرض بالخير والمعروف، والمحارب للشر والمنكر، السيد روح الله الموسوي الخميني، اللهمَّ وانتصر به لدينك، وأعزه وأعزز به أولياءك، الذين استضعفهم الظالمون، وتظاهروا عليهم وضايقوهم في دينهم ودنياهم، وانتقم ممن يشيع في الأرض الفساد، ويسعى بالأذى لأهل طاعتك، وينشر الباطل بين عبادك، ويعادي قرآنك وسنَّة نبيك، ويكيد للعاملين في سبيلك، ويحارب أهل مودتك، ويكون للكافرين عضداً، وعلى المؤمنين رصداً، ويسخّر كنوز أرضك لباطله،