البته داروین برای اثبات عقاید خودش دلایل زیادی بیان می‌کرد ، بخصوص‌ دلایلی از تشریح مقایسه‌ای و دیرین شناسی و زمین‌شناسی و فسیل شناسی که‌ فسیلهای جانوران مختلف را در دورانهای مختلف زمین‌شناسی جمع‌آوری می‌کند و پهلوی هم قرار می‌دهد و از آنها نتیجه می‌گیرد و همچنین از تحولات و دگرگونیهایی که در چنین انسان و حیوانات کاملتر ملاحظه می‌کند و قیاس با تمام جانوران دیگر ، این نتیجه را استنباط می‌کند . نظریات داروین در زمان خودش علاوه بر علمای مذهبی ، از طرف علمای‌ طبیعی هم مورد انتقادات و ایرادات فراوانی واقع شد . با اینکه استدلالات‌ داروین برای اولین‌بار به وسیله یک عالم طبیعی به این اندازه مستدل و منطقی به جهان دانش عرضه شده بود و خود او هم متوجه ایرادها بود ، ولی‌ چون اطمینان و ایمان کاملی به صحت فرضیات خود داشت ، به این انتقادها جواب می‌دهد و هر جا هم که پاسخهای او رسا نیست وضعیف و ناقص است ، آن را به عدم تکمیل و نقص مدارک زمین شناسی نسبت می‌دهد . داروین‌ می‌گوید : در دورانهای مختلف زمین‌شناسی جانداران مختلفی بوده‌اند . اولین‌ و قدیمترین دوره دو هزار میلیون سال طول کشیده و فاقد آثار جانداران است‌ . دوره بعدی هزار میلیون سال طول کشیده و فقط واجد آثار جانوران تک‌ سلولی و حیوانات پست دریایی است و دوره بعد که سیصد و شصت میلیون سال‌ طول کشیده واجد آثار خزندگان و دوزیستان و بی‌مهره‌هاست و دوره بعد که‌ هفتصد و پنجاه میلیون سال طول کشیده دارای آثار نخستین پستانداران ، ماهیها و پرندگان است و دوره فعلی که هفتاد و پنج میلیون سال طول کشیده‌ و دوره ما هم جزء این دوره هست ، بالاخره موجودات کاملتر و انسان نماها و یک میلیون سال اخیر آثار آدمها را می‌بینیم . بنابر نظریه داروین ، اینها به هم پیوسته و مربوط است ، یعنی از هم اشتقاق پیدا کرده است . به او ایراد می‌کنند که اولا اگر این سلسله و رشته تکامل درست است ، چرا تمام مراحل جانوران ، از پست‌ترین حیوانات تک سلولی تا کاملترین آن که‌ انسان است وجود دارد و اینها تکامل پیدا نکرده‌اند و ثانیا چرا حد واسط بین انواع و همچنین بین انسان و میمون دیده نشده و فسیلهایش به دست‌ نیامده است ؟ در جواب اولی می‌گوید که لزومی ندارد تمام جانوران تکامل‌ پیدا کرده باشند ، بلکه ممکن است جانوری احتیاج به تکامل پیدا نکرده و در شرایط محیطی خودش به لحاظ مسکن و غذا طوری بوده که احتیاج به اینکه‌ تغییر شکل بدهد نبوده ، و آنهایی که با تنازع بقا درگیر بوده و این سیری‌ را که من بیان می‌کنم طی کرده‌اند ، تکامل پیدا کرده‌اند ، به این جهت ما همه را الان می‌بینیم . دوم اینکه دوره‌ای که انواع مشترک ( یعنی حد واسط بین نوعها ) زندگی