كان السيد الطباطبائي مفكّراً كبيراً وكان لتفكيره أبعاد مختلفة، وقد وقفت على بُعْده في التفسير والفلسفة فهلمّ معي نتناول البعد الثالث من أبعاد شخصيته الذي هو البعد العرفاني والاَخلاقي.

فقد درس العرفان النظري من خلال كتاب «تمهيد القواعد» لابن تركة، و«الفتوحات» لمحيي الدين ابن عربي، و «شرح الفصوص» للقيصري إلى أن بلغ القمة في العرفان النظري ولكنّه ضم إليه العرفان العملي بتهذيب النفس والتقوى، وهو يروي كيفية صلته بأُستاذه في ذلك الفن.

يقول: هبطت النجف الاَشرف ولم أكن اشارك بعدُ في درس من الدروس، طرق ذات يوم البابَ طارق و إذا بالعارف الكبير السيدعلي القاضي الطباطبائي، فدخل البيت وجلس في زاوية من الغرفة، ثمّ قال: انّ من يهبط النجف الاَشرف لطلب العلم يجب أن يتزامن سعيه مع تهذيب النفس وتكميلها، قال: تلك الجملة وترك البيت، وقد أوجد كلامه هذا شوقاً كبيراً في قلبي ورغبة ملحّة إلى متابعة إرشاداته ونصائحه.

وبلغ في تهذيب النفس على يد ذلك العارف مقاماً شامخاً تمكن من خلالها روَية الحقائق الغائبة عن الحس.

فنقل يوماً انّه كان جالساً بعد إقامة صلاة الصبح فإذا تمثّل امامه النبي إدريس _ عليه السلام _ ورأيت انّه كان يتكلّم مع أخي الحكيم السيد حسن الاِلهي وكنت أفهم ما يلقيه النبي إدريس عن طريق أجوبة أخي.

وقد كان له من أمثال هذه المشاهدات أُمور يبخل بذكرها إلاّ لمن وجده أهلاً لها.