وقد ترك صدر المتألهين تراثاً علمياً في حقل الفلسفة والعرفان والتفسير وشرح الحديث ما يُنيفُ على ٣٣ كتاباً وقد ذكر تفاصيلها وخصوصياتها سلسلة من الاَعلام لا سيما الشيخ أبو عبد اللّه الزنجاني في أُطروحته المسمّاة «الفيلسوف الفارسي الكبير صدر المتألّهين» والعلاّمة الشيخ المظفر (رضوان اللّه عليه) في تقديمه على الاَسفار والعلاّمة الشيخ عبد اللّه نعمة في فلاسفة الشيعة، غير أنّا نشير إلى ما هو المهم:
١. الاَسفار الاَربعة، وربما يطلق عليها: الحكمة المتعالية في الاَسفار العقلية، وهذا الكتاب هو المرجع لباقي موَلفاته لا سيما : كتابيه المبدأ والمعاد، والمشاعر، وقد طبع في إيران على الحجر في أربعة مجلّدات كبار سنة ١٢٨٢هـ يقع مجموعها في ٩٢٦ صفحة بالقطع الكبير وعلى الاَجزاء الثلاثة تعاليق المحقّق السبزواري، والاَسفار جمع سفر ـ بفتح السين والفاء ـ ويراد منه السياحة الفعلية الاَربعة التي نوّه إليها في مقدّمة الكتاب وهي:

الاَوّل: السفر من الخلق إلى الخلق.

الثانـي: السفر بالحقّ في الحقّ.

الثالث: السفر من الحقّ إلى الخلق بالحقّ.

الرابـع: السفر بالحقّ في الخلق.

وقد أُعيد طبعه بصف جديد في تسعة أجزاء عام ١٣٨٤هـ مزيّناً بتعليقات المحقّق السبزواري وأُستاذنا الكبير السيد محمد حسين الطباطبائي (١٣٢١ـ ١٤٠٢هـ) وعليها تقديم بقلم الشيخ العلاّمة محمد رضا المظفر.
٢. المبدأ والمعاد، طبع عام ١٣١٤هـ وهو في الفنّين: الربوبيات والمعاد، جمع فيه بين مسلكي أهل البحث والعرفان.