سرانجام محمد على شاه كه تحمّل انتقادها و دخالت‌هاى مجلس و مشروطه طلبان را نداشت، مجلس شوراى ملى را به توپ بست و دوران استبداد صغير آغاز شد. اما ديرى نپاييد كه مشروطه طلبان به اين نتيجه رسيدند كه تنها راه مبارزه با استبداد محمد على شاه، نبرد مسلحانه است. از اين رو، مبارزان براى فتح پايتخت و سرنگونى شاه، از تبريز و اصفهان و گيلان و ساير نقاط به سوى تهران رهسپار شدند و قواى مشروطه خواه، در ٢٤ جمادى الثانى ١٣٢٧ مصادف با ٢٣ تير ١٢٨٨ تهران را فتح كردند.

شاه به سفارت روسيه پناهنده شد و هيئت مديره انقلاب در جلسه‌اى فوق العاده، محمد على شاه را از سلطنت خلع كرد و فرزند يازده ساله وى، احمد ميرزا را به پادشاهى برگزيد.

پس از پيروزى كامل مشروطه طلبان، جان شيخ به شدّت مورد تهديد قرار گرفت؛ اما او دليرانه ايستاد و محل اقامتش را ترك نكرد و دعوت سفارت روسيه را براى پناهندگى يا افراشتن پرچم آن كشور بر بام خانه‌اش نپذپرفت. شيخ در پاسخ به درخواست سفارت خانه گفت: «اسلام زير بيرق كفر نخواهد رفت». تا اينكه در تاريخ ١٢ رجب ١٣٢٧ از جانب گروه‌هاى تندرو فاتح تهران دستگير و پس از محاكمه‌اى كوتاه به مرگ محكوم شد و عصر سيزدهم رجب در ميدان توپخانه تهران او را به دار آويختند.

مهدى ملكزاده، مخالف سرسخت شيخ، در تاريخ خود چنين مى‌نگارد:

شيخ از زمانى كه حبس شد تا موقعى كه اعدام گشت، تمام ساعات را با بردبارى و خونسردى و متانت گذراند و ضعف نفس از خود نشان نداد و راه عجز و ناله و توسل به اين و آن را در پيش نگرفت و شخصيت خود را حفظ كرد. (٧)

(٧) ملكزاده، مهدى، تاريخ انقلاب مشروطيت ايران، ج٦، ص ١١٧؛ نيز در مورد صلابت و بردبارى شيخ پس از دستگيرى اش ر.ك: آخرين آواز قو، ص٥٥ ـ ٦٦.