پس از پيروزى نهضت و تشكيل مجلس شوراى ملى و تدوين قانون اساسى، اولين مخالفت‌هاى آشكار شيخ با برخى از مشروطه طلبان در تدوين متمم قانون اساسى بروز كرد. شيخ پيشنهاد داد كه اصلى در متمم قانون اساسى مبنى بر لزوم نظارت مجتهدان تراز اول بر مصوّبات مجلس در جهت مطابقت آن مصوّبات با قوانين شرع، تصويب شود. اين پيشنهاد كه از حمايت گروه‌هاى مختلف علما و مراجع مشروطه خواه نجف برخوردار بود، با مخالفت شديد اقليت تندرو مجلس به رهبرى سيد حسن تقى زاده مواجه شد. سرانجام پس از كشمكش‌هاى فراوان، پيشنهاد شيخ به تصويب رسيد.

مشروطه طلبان سكولار يا مشروطه طلبانى كه ديدگاه متفاوتى نسبت به شيخ در مورد شريعت، قانون، مجلس و روحانيت داشتند، با حضور پررنگ خود در عرصه مجلس، مطبوعات و انجمن‌هاى ملى و مذهبى، زمينه كناره‌گيرى شيخ و برخى ديگر از علما را از انقلاب مشروطه و سپس مخالفت آنان را فراهم كردند.

درگيرى‌ها كه با ترور نافرجام شيخ و تهديدهاى مكرر عليه جان وى تشديد شد، كار را به جايى رساند كه شيخ فضل اللّه‌ همراه گروهى از علما و روحانيان در زاويه حضرت عبدالعظيم متحصن شد. متحصنان با انتشار اعلاميه‌ها و تلگراف‌ها و لوايح سياسى، به تشريح مواضع خود و علل مخالفت با مشروطيت و مجلس شوراى ملى پرداختند. تأكيد براسلامى بودن نهضت و مجلس مهم‌ترين خواسته آنان بود.

پس از تعهّد كتبى مجلس به موافقت مصوّبات آن با شريعت و عدم مداخله در امور شرعى، تحصّن شيخ و همراهانش بعد از حدود نود روز پايان يافت. اما اختلافات كه ريشه‌هاى عميق نظرى داشت، خاموش نشد؛ تا اينكه شيخ و هم فكرانش بار ديگر با اجتماع در ميدان توپخانه و پس از آن تحصن در مدرسه مروى، مخالفت‌هاى خود را با مجلس تكرار كردند. اين اجتماع و تحصن با دخالت قواى انتظامى دولت برچيده شد.