١. يكى از فرق‌هاى حكم حكومتى با حكم اولى از ناحيه مصالح و مفاسدى است كه فلسفه صدور حكم مى‌باشند؛ زيرا در حكم حكومتى مصالح و مفاسد بر محور اجتماع و عموم مى‌چرخد، اما مصالح و مفاسد در احكام اولى داير مدار شخص مكلف است.

از سوى ديگر ملاك در وجود و عدم مصالح و مفاسد در احكام اولى تشخيص شارع مقدس است اما در حكم حكومتى ملاك در وجود و عدم مصلحت و مفسده، تشخيص حاكم و ولى فقيه است. از اين رو يكى از بحث‌هاى اساسى در حكم حكومتى شناخت مصلحت و روش‌هاى كشف آن است.

٢. فرق اساسى ديگر، در قلمرو زمان استمرار حكم و امكان تغيير و عدم تغيير (دوام و موقت) است؛ زيرا حكم اوّلى غيرقابل تغيير است؛ چون در احكام اولى، حكم به عنوانى تعلق گرفته كه در هر زمان و مكان وجود خارجى پيدا كند؛ مانند وجوب نماز كه به عنوان انسان مكلف عاقل تعلق گرفته. به ا صطلاح منطقى جعل احكام اولى به گونه قضيه حقيقى است و رواياتى كه دلالت دارد حلال و حرام (٢٨) خدا تا روز قيامت استمرار دارد ناظر به حكم اولى است. اما احكام حكومتى قابل تغيير و موقتى‌اند؛ (٢٩) زيرا حكم داير مدار وجود مصلحت و مفسده‌اى است كه حاكم آن را تشخيص داده است. بنابراين هرگاه تشخيص حاكم منتفى شود حكم نيز تغيير خواهد كرد. از اين رو محقق نايينى در مقام فرق گذارى ميان حكم حكومتى و اولى مى‌نويسد:

قوانين راجعه به اين قسم (سياسات) نظر به اختلاف مصالح و مقتضياتش به اختلاف اعصار لامحاله مختلف و در معرض نسخ و تغيير است و مانند قسم

(٢٨) مانند روايت معروف «حلال محمد حلال إلى يوم القيامة».
(٢٩) علامه طباطبايى مى‌نويسد: احكام و مقرراتى كه در جامعه اسلامى از مقام ولايت صادر مى‌شود عموما قابل تغيير بوده و در بقا و زوال تابع مصلحت زمان هستند از اين جهت «شريعت» ناميده نمى‌شود، ولى خود مسأله ولايت و حكومت اين طور نيست. (بحثى درباره مرجعيت و روحانيت، ص ٩٢).