الأزهر في ألف عام - الخفاجي، محمد عبد المنعم - الصفحة ١٥٩ - اما الذين حوكموا رسميا من العلماء باعتبارهم من زعماه الثورة فهم
عبد اللّه الشرقاوي محمد علي واليا على مصر بشرط أن يحكم بمشورة وكلاء الشعب. و لكن محمد علي كان يميل إلى الحكم المطلق، و سرعان ما ضاق ذرعا برقابة وكلاء الشعب خصوصا السيد عمر مكرم زعيم العلماء، الذي أخذ يحاسب محمد علي باشا على جمع الضرائب التي فرضها، و بلغ من حماسته في الدفاع عن حقوق الشعب أن عقد مجلسا عاما من العلماء في (أواسط جمادي الأول سنة ١٢٢٤- أول يولية سنة ١٨٠٩)، و قد أقسم المجتمعون على ألا يلينوا حتى يجيب الوالي مطالبهم التي تتخلص في عدم فرض ضرائب جديدة و إلغاء الضرائب المستحدثة، و قد ازدادت العلاقات توترا حينما رفض السيد عمر مكرم أن يوقع الميزانية السنوية. كما يريدها محمد علي، و أن من المعتاد أن يوقع على الميزانية وجوه المصريين قبل إرسالها إلى السلطان العثماني.
تنكر محمد علي للسيد عمر مكرم، و أخذ يسعى في التخلص منه، حتى سمحت له الفرصة في رجب ١٢٢٤ (اغسطس ١٨٠٩)، فقرر خلعه من نقابة الأشراف و نفيه إلى دمياط، و قد تلقى السيد عمر مكرم هذا النبأ بقوله: «أما منصب النقابة فإني راغب عنه و زاهد فيه و ليس فيه إلا التعب، و أما النفي فهو غاية مطلوبى لأرتاح من هذه الورطة، و لكني أريد أن أكون في بلدة لا تدين لحكم محمد علي».
مكث السيد عمر مكرم أربع سنوات في دمياط نقل بعدها إلى طنطا التي استمر بها حتى عام ١٢٣٣ (١٨١٨)، ثم أذن له بالعودة إلى القاهرة، و لكن استقبال الشعب الرائع لزعيمه أثار شكوك محمد علي مرة اخرى، فأمر بنفيه الى طنطا عام ١٣٣٧ (١٨٢٢) حيث توفي في نفس العام.
و قام الأزهر بتأييد القوات الوطنية في جهادها ضد الإنجليز عام ١٨٠٧ ه، و أفتى زعماؤه في المؤتمر الوطني المنعقد في الأزهر بوجوب الجهاد الوطني، و قام العلماء ببذل مجهود كبير في سبيل الدفاع عن الوطن سواء بالتطوع أو إمداد الجيش بالمؤن و الذخائر أو الدعوة إلى الجهاد.