اسماعيليان و مغول و خواجه نصير الدين طوسي - حسن امین - الصفحة ٣٢٣ - اسماعيليان ايرانى در دوره قاجاريه
كرد تا او را قبل از خروجش از خاك يزد، دريابد. امير بهاء الدوله در «كالمند» كه در منتهىاليه يزد واقع است به او رسيد. آقا خان كه اوضاع را چنين ديد به امير نامهاى نوشت و در آن چنين آورد:
«اولا: ما زائرانى هستيم كه به زيارت مىرويم و ثانيا: بين ما اختلافى وجود ندارد. بنابراين بهتر است بدون اينكه متعرض ما شوى، برگردى و ما هم به نوبه خود از خاك تو خارج مىشويم.» چون امير ميرزا بهمن ديد كه گروه آقا خان اندك است، اين نامه را حمل بر ضعف آنها كرد و به آنها حملهور شد.
آقا خان با برادران و همراهانش در مقابل آنها ايستاد و آنها را شكست داد. آنگاه به طرف «شهر بابك» به راه افتاد. در سيرجان بين او و مأموران دولتى درگيرى رخ داد و در رشت آباد بين او و نيروهاى دولت به فرماندهى اسفنديار خان، برادر حاكم كرمان، فضل على قراباغى، جنگى روى داد كه طى آن اسفنديار خان به قتل رسيد و برخى از فرماندهانش به اسارت درآمدند. پس از اين گيرودار آقا خان بر قلعه مشيز مسلط شد. در اين بين به او خبر رسيد كه فرمانده توپخانه، حبيب الله خان، در راس نيروى بزرگى از تهران حركت كرده همچنين براى حاكم فارس و عاملان نواحى آن، فرمان ملوكانه صادر شده است تا به غايله پايان دهند. در اين هنگام آقا خان به طرف سيستان و از آنجا به قندهار حركت كرد و پس از مذاكرهاى با حكومت انگلستان در بمبئى اقامت گزيد. مريدان او همچنان گروهگروه به ديدار او مىآمدند. او بقيه زندگيش را در عزت و احترام سپرى كرد تا اينكه در سال ١٢٩٨ در سن قريب به نود سالگى درگذشت.
[پس از درگذشت آقا خان] على شاه، پسر سرو جهان، سىودومين دختر فتح على شاه [بهعنوان امام] جانشين او شد. على شاه نيز به نام آقا خان نامبردار گرديد و اين لقب در اين خاندان بهعنوان ارث استمرار يافت.