همچنين در نامه‌اى به مظفر الدين شاه، از تشيّع به عنوان «اسلام ايرانى» ياد مى‌كند كه هرگونه پيروى ثابت و كوركورانه را طرد مى‌نمايد و بر پايه تحقيقات آزاد علماى عصر، بناشده است. او اصل «اجتهاد» را اصلى قابل تحسين مى‌شمارد كه ابواب وسيعترين مباحث و جديدترين عقايد را گشوده است. (٧١)

ملكم، ميان دو قرائت از اسلام فرق نهاده و مى‌گويد:

... بلى تسخير عالم، حق اسلام است، اما كدام اسلام، اسلام علم نه اسلام جهل، اسلام محبّت نه اسلام اذيت، اسلام ترقّى نه اسلام تدنّى، اسلام اتفاق نه اسلام نفاق، اسلام آبادى نه اسلام ويرانى، اسلام عقل نه اسلام نقل، اسلام آدم نه اسلام جماد. (٧٢)

او در اين گفتار، ضمن دفاع از «اسلام عقل» در مقابل «اسلام نقل» قرائت دوم از اسلام را بدون ارائه دليلى، مرادف جهل، اذيّت، تدنّى، نفاق و ويرانى قرار داده و با تقبيح تكيه بر «نقل» ـ يعنى قرآن و سنّت ـ درفهم اسلام، آشكارا موضوع افراطى خود را در دفاع از عقل گرايى و محروميت از وحى و سنّت معصومان (ع) نشان داده است.

او به كنايه و از زبان يكى از شخصيت‌هاى ساختگى اش در رساله سيّاحى از دانش آموختگان حوزوى به «جهل مندان» ياد مى‌كند و مباحثات فقيهان را در باره احكام عبادى با تعابيرى اغراق‌آميز، به تمسخر مى‌گيرد و نشان مى‌دهد كه نگاه او به دين، دنيا محور و خالى از ظرافت‌هاى عبوديت و بندگى است:

با وجود اين كه دين مبين اسلام، اكمل و احسن مذاهب بود، جهل و حماقت اين گروه (جهل مندان)، اصول شريعت ربانى را چنان به فروعات وظايف انسانى آميخته داشت كه حقايق اشرف اديان بر اكثر طوايف جهان مخفى و نامعلوم مانده بود... دويست، سيصد جلد كتاب ديدم كه بر نقيض يكديگر بر وضع شستن

(٧١) الگار، حامد، ميرزا ملكم خان، ص ٧٩.
(٧٢) ملكم خان، روزنامه قانون، شماره ٢٧، ص ٣؛ همچنين مراجعه شود به: همان، شماره ٣٩، ص٢.