ميرزا ملكم خان اگر چه متفكرى عميق به شمار نمى‌آيد، اما گاه انديشه و قلمش بسان ساير آدميان، خالى از بارقه‌هاى فيلسوفانه نيست. او ظاهراً پيش از آنكه محمد اقبال لاهورى، فيلسوف پاكستانى (م ١٣١٧ ش) به طرح ديدگاه بحث انگيز خود پيرامون فلسفه ختم نبوت بپردازد و «عقل استقرايى» را جانشين پيامبران در راهبرى انسان در عصر خاتميّت بشمارد، (٦٨) عقل جمعى آدميان را كه برآمده از تضارب آراء «مؤمنين فاضل» در «مجلس شوراى ملى كبرا» است، جانشين نبوّت پيامبران مى‌دانست؛ زيرا «بديهى است كه به واسطه ختم نبوّت شخصى، نور نبوّت مطلق در دنيا منطفى نشد و فرق فقط در طريقه ظهور آن است؛ به اين معنا كه نور نبوّت عوض اين كه مثل عهود سابق در وجود پيغمبران منفرده ظهور نمايد، به اقتضاى ترقى ايام در مجامع مؤمنين متحد بروز مى‌كند». (٦٩)

ملكم به مانند بسيارى از روشنفكران دينى مى‌كوشد تا از تمامى ظرفيت‌هاى موجود در دين براى وفاق ميان دين و عقلانيت مدرن استفاده كند. او نيز همچون سيد جمال الدين اسد آبادى و اقبال لاهورى بر «اجتهاد» به عنوان عاملى زنده و پويا پاى مى‌فشارد و آن را راهگشاى بسيارى از چالش‌هاى ميان سنّت دينى و تمدن غربى مى‌داند. ملكم درسخنرانى «مدنيت ايرانى» خطاب به اروپاييان مى‌گويد:

يك نكته مهم و بسيار سودمند و در عين حال منفى اين است كه در اسلام، دستگاهى به صورت كليسا وجود ندارد و خاصه در ايران، هر مجتهدى مى‌تواند اصول احاديث و سنن را كه خود دريايى است پهناور، بسنجد و تفسير كند. از آن جا كه اين مبانى، چون درياى بيكرانى است مى‌توان هر قانون جديد يا اصول تازه‌اى را به استناد به آن ضابطه‌ها و احكام وضع نمود. در اين بابت تجربه هم داشته‌ايم. (٧٠)

(٦٨) اقبال لاهورى، محمد، بازسازى انديشه دينى در اسلام، ص٢١٩. پيرامون نقد انديشه اقبال و برخى ديگر از متفكران مسلمان در اين موضوع مراجعه شود به: امامى، مسعود، تأملى در فلسفه ختم نبوت از ديدگاه شهيد مطهرى، نشريه معارف اسلامى، شماره ١٠، بهمن ١٣٨١.
(٦٩) ملكم خان، روزنامه قانون، شماره ١٩، ص٣.
(٧٠) نورايى، فرشته، تحقيق در افكار ميرزا ملكم خان، ص٢٣٢.