مى‌ديد كه فرهنگ غرب را در قالب اسلام و با ادعاى مطابقت آن دو، ترويج كند. وى در پاسخ به اعتراض كسانى كه او را به سبب دفاع از دين و عالمان دين سرزنش مى‌كردند و در جهت تبيين روش خود مى‌گويد:

... مى‌دانم در اين فقره چه خواهيد فرمود، خواهيد گفت: اين شخص، عجب احمق است كه دنباله مذهب را گرفته و رهانمى‌كند. چه از مذهب مى‌خواهى و مرا درد سر مى‌دهى؟ به مذهب ملاّ چه كار دارى؟ جناب وزير، بنده هم اين فقره را مى‌دانم و از منظور شما آگاهم، مكرّر گفته‌ام و باز هم مى‌گويم: ملاحظه فناتيك (١٥) اهل مملكت لازم است. براى پيشرفت، اين عظيم جوانان فرزانه و دانشمند مى‌بايست كه از علوم مذهبيه و قوانين فرانسه و غيره و وضع ترقّى آنها استحضار كامل داشته باشند و به علاوه آنها را قوه مميّزه مخصوصى باشد كه بفهمند كدام قاعده فرانسه را بايد اخذكرد و كدام يك را بنابه اقتضاى حالت اهل مملكت بايد اصلاح كرد؟... آيا خدمت جناب شما عرض نكردند كه دشمن‌ترين اشخاص براى نظم مملكت و تربيت ملت و آزادى آنها طايفه علما و اكابر فناتيك اند... آيا به جناب شما ننوشتند كه چون علما مداخله ديگران را در كار خود ببينند در خفا و ملأ به پختگى زبان به شماتت و بى اعتنايى و بدگويى خواهند گشود و سبب سستى، بلكه تباهى كار خواهند شد. (١٦)

او انديشه‌هاى غربى خود را در «لفافه دين كه با روحيات مردم ايران سازگارتر است»، (١٧) عرضه مى‌كرد. وى در سخنرانى مهمى در لندن به نام «مدنيّت ايرانى» كه خطاب به جمعى از اروپاييان در تاريخ ١٨٩١ ميلادى و به زبان انگليسى ايراد كرده است، مى‌گويد:

(١٥)تعصّب دينى:.fanatisme
(١٦) ملكم خان، مجموعه آثار ميرزا ملكم خان، رساله دفتر قانون، ص ١٧٣. همچنين مراجعه شود به: ملكم خان، روزنامه قانون، شماره ٢٦، ص ٣ و شماره ٣٦، ص ٣.
(١٧) رايين، اسماعيل، ملكم خان، زندگى و كوششهاى سياسى او، ص ٢٠.