جا كه برويد، العياذبالله، مردم را منحرف ساخته، به اسلام و روحانيت بدبين خواهيد كرد. «١» امام بزرگوار، تهذيب و خودسازى و تقواپيشِگى را اساس كار حوزه‌هاى علميه مى‌دانست و اعتقاد داشت كه آنان با تهذيب و تقوا مى‌توانند به وظيفه خويش عمل كنند و پيش از پذيرش هر مسؤوليتى نخست بايد به تهذيب خويش بپردازند؛ رذايل اخلاقى را از خود دور سازند و فضايل را كسب نمايند سپس با زاد و توشه تقوا به راهنمايى و هدايت مردم همت گمارند. از اين رو در نخستين روزهاى پيروزى انقلاب- كه به رهبرى روحانيت به سامان رسيده بود- به آنان فرمود:
حوزه‌هاى علميه همه بيدار شوند، هر جا هستند! امروز روزى نيست كه حوزه‌هاى علميه مثل سابق عمل كنند. سابق وضع ديگرى داشت، حالا وضعى ديگر. حوزه‌هاى علميه بيدار باشند، تقوا را تقوا را تقوا را نصب العين خود قرار بدهيد. فضلا، طلّاب علوم دينيه! تقوا، تقوا، تنزيه نفس، مجاهده با نفس. يك مجاهد با نفس مى‌تواند بر يك امّت حكومت كند، مجاهده كنيد، تهذيب كنيد حوزه‌هاى خودتان را. «٢» همچنين امام در طول ده سال زعامت و رهبرى همواره روحانيون را به تقوا و خودسازى و دورى از آلوده شدن به مظاهر مادى و دنيا پرستى سفارش مى‌كرد و ضمن تمجيد و تكريم از علماى ربانى به نكوهش روحانى نمايان و دين فروشان و درباريان مى‌پرداخت.