في سرّ التجليات را در مباحث فلسفى و كلامى در باره وجود و صفات خداوند و رسالت پيامبران نگاشته است. (٣) او در مصر مدرّس كتب فلسفه اسلامى مانند الاشارات و حكمة الاشراق بود و شاگردانى همچون شيخ محمد عبده (١٢٦٦ ـ ١٣٢٣ ق) مفتى اعظم مصر را در اين زمينه پروراند. اشتغال او به مباحث فلسفى و عرفانى به حدّى بود كه مخالفانش در مصر او را به صوفى گرى متهم كردند. (٤) يكسان انگاشتن سيد ـ كه داراى پشتوانه مطالعاتى عميق در علوم اسلامى بود و توانسته بود شخصيت‌هايى همچون شيخ محمد عبده را مجذوب خويش كند ـ با ملكم خان ارمنى زاده‌اى كه آشنايى اندكى با اسلام داشت و آن را ابزارى براى رسيدن به اهداف خويش قرار داده بود، دور از تحقيق و انصاف علمى است.

سيد در نقد كتاب تفسير قرآن، سخت بر نويسنده آن يعنى سيد احمد خان (م ١٢٣٢ ق)، روشنفكر برجسته هندى مى‌تازد؛ زيرا او در اين كتاب آيات مربوط به فرشتگان، جنّ، روح الامين، وحى، بهشت، دوزخ و معجزات پيامبران را به پديده‌هاى مادى تأويل و تفسير كرده و مفاهيم غيبى و ماورائى را از آنها زدوده و پيامبران الهى را هم رتبه شخصيت‌هاى سياسى مانند جورج واشنگتن، ناپلئون، گارى بالدى و... قرار داده است. اين امر، حساسيّت او را در برابر تحريف مفاهيم دينى نشان مى‌دهد و در واقع سيد، با نقد اين كتاب راه خود را از روشنفكرانى مانند احمد خان جدا مى‌سازد. سيد مى‌گويد:

مراد اين مفسّر، چنانچه خود مى‌گويد، اگر اصلاح قوم خويش باشد، پس چرا سعى مى‌كند در ازاله اعتقاد مسلمانان از ديانت اسلاميّه؟! خصوصاً در اين وقتى كه ساير اديان از براى فرد بردن اين دين، دهنها گشوده است؟... مرا به خوبى معلوم شد كه نه اين مفسّر مصلح است و نه تفسير آن از براى

(٣) حسين افغانى، سيد جمال الدين، رسائل فى الفلسفة و العرفان، ص٢٧ و ٤٣.
(٤) امين، احمد، زعماء الاصلاح، ص ٦٤.