هر چند در نسخه چاپى، با نام «جعفر بن محمد المشهدي » معرفى شده، ولى به گفته سيد محسن امين در «اعيان الشيعه»، آنچه در نسخه خطى اصلى آمده «محمد بن على المشهدي» است و نسخه چاپى اشتباه است (١٤). مصحح «أمل الآمل» نيز، در يكى از نسخه‌هاى در دسترس خود ، نام او را «محمد بن على» ديده، كه روى «على» خط زده شده و دوباره نام «محمد» نوشته شده است و اين مطلب مى‌تواند قرينه ديگرى باشد بر اين كه در نسخه اصلى، نام او به صورت «محمد بن على» آمده است (١٥).

٤. شيخ على بن يوسف (از اعلام سده هفتم ) مشهور به ابن جبير در كتاب « نهج الايمان في الامامة والمناقب (١٦)» از «محمد بن جعفر المشهدي» نام مى‌برد و از كتاب او، يعنى«ما اتفق من الأخبار في فضل الأئمة الأطهار»، حديث نقل مى‌كند. او در برخى موارد از تعبير «و روى الشيخ محمد بن جعفر المشهدي الحائري في كتابه كتاب ما اتفق فيه من الأخبار في فضل الأئمة الأطهار (١٧)»، استفاده كرده است. اين مطلب نشان از آن دارد كه علاوه بر «المشهدي»، او را «الحائرى» نيز مى‌گفته‌اند. گاهى اوقات نيز از او با عنوان «الفقيه الشيخ

(١٣)أمل الآمل : ٢ / ٥٣، الرقم ١٣٣
(١٤)أعيان الشيعة - السيد محسن الأمين - ج ٤ - ص ١٣٢: الشيخ جعفر بن علي المشهدي في أمل الآمل الشيخ الجليل عالم فقيه يروي عنه ولده محمد اه. هكذا في نسخة مخطوطة منقولة عن نسخة الأصل وما في النسخة المطبوعة من أنه «جعفر بن محمد المشهدي» خطأ .
(١٥) كذا في كلّ نسخ الكتاب الّتي عندنا إلاّ نسخة ع حيث كتب فيها أوّلاً «ابن علي» ثمّ شطب على «علي» وكتب «محمد» ، ومقتضى الترتيب أن يكون جعفر بن علي أو تؤخر هذه الترجمة عن هذا الموضع ، وفى الاعيان «جعفر ابن علي المشهدي . . . هكذا في نسخة مخطوطة منقولة عن نسخة الاصل ، وما في النسخة المطبوعة من أنّه جعفر بن محمد المشهدي خطأ» .
(١٦) الذريعة : ٢٤ / ٤١١، الرقم ٢١٦٩ (نهج الايمان ) في الامامة والمناقب للشيخ علي بن يوسف الشهير بابن جبير وسبط ابن جبير رتّبه في ٤٨ فصلاً . جمعه المؤلف من ألف كتاب كما صرّح به في أوّله . وابن جبير هذا حفيد ابن جبير صاحب نخب المناقب .
(١٧) نهج الايمان : ٢١٧ .