سرانجام در سن ٥٩ سالگى در استانبول به دستور سلطان عبدالحميد، مسموم و كشته شد. «١» سيد جمال‌الدين در زمان هجوم همه‌جانبه استعمار به كشورهاى اسلامى و در دوران افول و انحطاط مسلمانان مى‌زيست. اين مسأله او را به شناسايى علل انحطاط مسلمانان و راه‌هاى رهايى از آن واداشت. به بيان عميق‌تر، از نظرگاه سيد جمال‌الدين، آنچه مانع رشد، توسعه و پيشرفت جامعه اسلامى مى‌شد، عبارت بود از:
«١- استبداد حُكّام؛ ٢- جهالت و بى‌خبرى توده مسلمان و عقب ماندن آن‌ها از كاروان علم و تمدن؛ ٣- نفوذ عقايد خرافى در انديشه مسلمانان و دور افتادن آن‌ها از اسلام نخستين؛ ٤- جدايى و تفرقه ميان مسلمانان به عناوين مذهبى و غيرمذهبى؛ ٥- نفوذ استعمار غربى.» «٢» ولى از نظر سيد جمال‌الدين، استبداد داخلى و استعمار خارجى مهم‌ترين و مزمن‌ترين درد جامعه اسلامى است. به بيان ديگر، علل ضعف مسلمانان در خودباختگى از غرب، دورى از عقل، ترسو بودن، راحت‌طلبى و وجود تفرقه بين دولت‌هاى اسلامى است. «٣» سيد جمال‌الدين براى درمان دردها و بيمارى‌هاى مذكور، اين راه‌ها را پيشنهاد مى‌داد:
«١- مبارزه با خودكامگى مستبدان؛ ٢- مجهز شدن به علوم و فنون جديد؛ ٣- بازگشت به اسلام نخستين و دور ريختن خرافات و پيرايه‌ها و ساز و برگ‌هايى كه به اسلام در طول تاريخ بسته شده است؛