باب وجوب اقامه نماز جمعه و پرداخت خراج به سلطان در عصر غيبت و نيز همكارى با سلاطين صفوى مخالفت داشت.
قطيفى شرعى بودن پرداخت خراج به پادشاه را در عصر غيبت رد مى‌كرد. به عقيده او، دادن خراج به شاه، حتى اگر شاه آن را در خزانه بيت‌المال جمع‌آورى كند و در امور مردم صرف نمايد، حرام است. وى همچنين پذيرش هدايا، جوايز و اموالى را كه از قِبَل خراج پرداختى به شاه، از سوى سلطان به مسلمانان داده مى‌شد، حرام كرد. قطيفى به آنچه در اين زمينه مى‌گفت، عمل هم مى‌كرد. به عنوان نمونه، وى هديه «١» شاه طهماسب را به استناد آيه «به ستمكاران اعتماد و اتكا نكنيد كه دچار عذاب الهى مى‌شويد»، «٢» نپذيرفت.
نكته ديگر در آراء قطيفى، مخالفت وى درباره همكارى با سلاطين است. وى همانند مقدّس اردبيلى، سلطنت را نامشروع مى‌دانست و هرگونه همكارى با سلطان، حتى سلطان عادل را به اين دليل كه آن‌ها غاصب حق حكومت فقها هستند، مذمّت مى‌كرد. ايشان در توجيه و تبيين مخالفت خويش، به روايات متعددى از جمله اين روايت استناد مى‌كرد: امام صادق (ع) به على‌بن ابى حمزه، كه دوست وى در دستگاه بنى‌اميّه، فرمودند:
«اگر بنى‌اميّه افرادى را به عنوان كاتب، و جنگجو و جز آن‌ها نمى‌يافتند، نمى‌توانستند حق ما را از ما بگيرند.» آراء قطيفى در مورد نماز جمعه نيز مخالف آراء محقق كركى بود. در واقع، قطيفى جزو آن دسته از علما به شمار مى‌رفت كه اقامه نماز جمعه را در عصر غيبت حرام مى‌دانند «و رسالة فى حرمة صلاة الجمعة فى زمن الغيبة مطلق» را در رد نظريه وجوب اقامه نماز جمعه در عصر غيبت و به ويژه در رد كتاب «صلاة الجمعه» محقّق كركى نوشت. «٣» با اين وصف، آراء سياسى قطيفى به جاى اين كه در مقابل آراء سياسى محقق‌