دليل، هنگامى كه ملكشاه او را به عزل از پُست وزارت تهديد كرد، خواجه در پاسخ، بقاى سلطنت او را مشروط به بقاى پُست وزارت خويش دانست. ملكشاه نيز چون ديد بدون او قادر به اداره مُلك نيست، وى را همچنان در مسند وزارت باقى گذاشت. «١» خواجه به ظاهر، يك مذهبى متعصب بود و از همه توان خود و نيز از تمام امكانات موجود براى حفظ و صيانت از انديشه‌هاى مذهب شافعى استفاده مى‌نمود. اين در حالى است كه:
اولًا، خواجه در دو كتاب معروفش- يعنى: سير الملوك يا سياست‌نامه و دستورالوزراء يا رساله وصايا- به طرح حوادث گذشته و حال به صورتى كه واقع شده‌اند و نه به صورت خيالى و آرمانى پرداخته و نيز براساس واقعيت‌هاى تاريخى به ارائه آراء و اندرزهاى سياسى به سلطان مبادرت ورزيده است.
ثانياً، وى در كتب مذكور، هيچ‌گاه از كلمه «خليفه» و «سلطان» كه مورد استفاده علمى و فقهى است، سخن نگفته، بلكه لفظ «پادشاه» را به كار برده است. «٢» با اين وصف، به تلازم دين و دولت اعتقاد داشت.
علاوه بر آن، مهم‌ترين وجه تمايز خواجه نظام‌الملك از ديگر انديشمندان معاصرش همچون ماوردى و غزّالى، آن است كه خواجه در جنگ بين سلطنت و خلافت، كاملًا طرفدار سلطنت است؛ زيرا برخلاف آن دو، كه نگران كاهش قداست و مشروعيت خلافت بودند، او دل‌مشغولى افول و زوال امپراتورى سلجوقيان را داشت. بنابراين، او براى حفظ كشور و ممانعت از هرج و مرج سياسى، تقويت و افزايش اقتدار سلاطين سلجوقى را ضرورى مى‌ديد. از اين رو، به طرح نظريه الهى حكومت پرداخت و سلطنت را هديه الهى و نه موهبت ناشى از خليفه دانست. به بيان ديگر، او اعتقاد داشت مشروعيت سلطنت از خداوند است و نه از ناحيه خليفه. «٣»