موضوعات، قريب صد كتاب از وى باقى مانده است. او همچنين شاگردان معروفى همچون ملّا محسن فيض كاشانى و ملّا صدراى شيرازى تربيت كرد و در زمان شاه عباس كبير، به مقام شيخ‌الاسلامى كشور دست يافت. «١» شيخ بهايى همانند شهيد ثانى، به كمك و هميارى نخستين حكومت فراگير شيعه‌يعنى: صفويه- همّت گماشت. هدف شيخ از كمك به دولت صفويه، هدايت و ارشاد آن بود. به عقيده وى، ديانت و شريعت اسلام دستورالعملى براى اداره حكومت است، بنابراين، دولت‌ها بايد كارگزار دين و متعهد به اجراى قوانين خدا باشند. در نتيجه، وى اقدام علمايى كه دين را وسيله تأمين دنياى خود قرار داده بودند، نمى‌پسنديد و با سرودن اشعارى همانند:
«حيف باشد از تو اى صاحب سلوك كاين همه نازى به تعظيم ملوك» بيزارى خود را از نحوه عمل عالمان چاپلوس نشان داد.
تفسيرى كه شيخ بهايى از وطن ارائه مى‌دهد، گواه ديگرى است كه مشى و منش سياسى او را در عقايد دينى و مذهبى نشان مى‌دهد. وى كلمه «وطن» را در حديث «حُبُّ الوطنِ مِن الايمانِ» (علاقه به وطن از ايمان است) يك وطن جغرافيايى مبتنى بر ملّيت و ناسيوناليسم نمى‌دانست، بلكه وطن را به جايگاه اخروى روح انسان تعبير مى‌كرد؛ زيرا عقيده داشت پيامبرى كه محبت و علاقه به دنيا را سرچشمه همه خطاها و گناهان معرفى مى‌نمايد، چگونه دوست داشتن يك چيز مادى همچون وطن را نشانه ايمان مى‌داند؟ او در تبيين نظر خويش، اين شعر را سرود:
«اين وطن مصر و عراق و شام نيست اين وطن شهرى است كو را نام نيست». «٢»