به همين دليل، در اين دوران كوتاه پنج ساله، حوادثى بسيار مهم رخ داد و هنوز امام عليه السلام بر كرسى خلافت ننشسته بود كه احزاب مخالف دست به قيام مسلّحانه زدند.
زندگى آن بنده وارسته خدا و تربيت يافته مكتب وحى، سراسر جهاد بود؛ از آن هنگام كه در سايه وحى، فاتح جنگ‌ها بود، تا آن هنگام كه در محراب خون به لقاى حق شتافت. از اين رو، درباره جهاد با دشمنان اسلام، رهنمودهايى فراوان به رهروان راه خويش ارائه كرده كه بيشتر آن سخنان ارزنده در نهج البلاغه گرد آمده است. از آن‌هاست آنچه در زير مى‌آيد:
جهاد با كسى كه از راه حق دورى گرفته و به اختيار خود به سراشيب نابينايى و گمراهى فرو افتاده، بر رهروان حق واجب است. ما كمر همّت بسته‌ايم تا با مردمى كه آيين خداوند را ناديده گرفته‌اند، اموالى را [كه همگان در آن شريكند] غصب كرده‌اند، حدود شرعى را كنار گذاشته‌اند، حقّ را پايمال كرده‌اند، در زمين، فساد پراكنده‌اند و با قاسطين پيوند دوستى بسته‌اند، نبرد كنيم. «١» در نظر امام (ع)، مؤمنان وظيفه دارند كه در برابر منكرات بايستند و جامعه را از وجود فاسدان پاكسازى كنند. «٢» از ديدگاه امام (ع)، جهاد موجب استوارى دين، عزّت مسلمانان و تركش موجب خوارى است. «٣» جهاد زندگى شرافتمندانه در پى دارد، «٤» جهاد، ستون دين است «٥» و اگر جهاد ترك شود، دين از ميان خواهد رفت. «٦» جنگ‌هاى امام على (ع)
در دوران حدود پنج سال حكومت امام على عليه السلام سه نبرد خونين رخ داد: جنگ جمل‌