ميرزا فتحعلى آخوند زاده، روشنفكر سرشناس و معاصر ميرزا ملكم خان كه رابطه‌اى صميمى با او داشته است در يكى از نامه‌هاى خود از ملكم مى‌خواهد كه هنگام عزيمتش از اسلامبول به سوى تهران، چند روزى را در تفليس ميهمان او باشد. ملكم نيز درخواست او را اجابت مى‌كند و ايّامى را در سال ١٨٧٢ ميلادى در خانه آخوند زاده در تفليس ميهمان مى‌گردد. آخوند زاده برخى از مطالبى را كه در آن روزها به طور خصوصى از ملكم خان شنيده است به رشته تحرير درآورده و اسناد معتبر و ارزشمندى را در رابطه با اعتقادات و باورهاى حقيقى ميرزا ملكم خان در اختيار آيندگان نهاده است. ميرزا ملكم خان در يكى از آن مجالس، دين را در جهت نابودى عقل معرفى مى‌كند و مى‌گويد:

امروز بسط و خرابى كل دنيا از اين جهت است كه طوايف آسيا عموماً و طوايف يوروپا خصوصاً به واسطه ظهور پيغمبران از اقليم آسيا كه مولد اديانست و از اينجا اديان به يوروپا مستولى شده است و به واسطه مواعظ وصيّان وامامان و نايبان و خلفاى ايشان كه بعد از پيغمبران به ترويج اديان ايشان كوشيده‌اند و در اعتقاد مردم به درجه مقدسى و ولايت رسيده‌اند، عقل انسانى را كه اثرى است از آثار الوهيت و درموجودات سفليه باليقين و در اجرام علويّه على الظاهر وجودى بالاتر از آن متصور نيست به سبب انواع و اقسام اغراض نفسانيه خودشان بالكليّة از درجه شرافت و اعتماد انداخته تا امروز در حبس ابدى نگاه داشته و در امورات و خيالات اصلاً آن را سند و حجت نمى‌شمارند و نقل را هميشه بر آن مرجح و غالب مى‌دانند. (٦)

ملكم خان در گفتارى ديگر، مبارزه با دين را به شيوه مخفيانه به آخوند زاده مى‌آموزد و به او مى‌گويد:

ساكنين مملكت عثمانيه و ايران و قفقاز سه گروهند: يكى يهود، ديگرى نصارا، سيمى مسلمان. تو، ميرزا فتحعلى به دين هيچ يك از ايشان نبايد بچسبى و نبايد به ايشان بگويى كه اعتقاد شما باطل است و شما در ضلالت هستيد... تو بدين

(٦) آخوند زاده، ميرزا فتحعلى، الفباى جديد و مكتوبات، ص ٢٨٨.