در اين دوره براساس ماده ٢ قانون مقررات ادارى و استخدامى جهادسازندگى تعداد اعضاى شوراى مركزى به همراه وزير و نماينده ولى فقيه مجموعاً ٧ نفر است كه چهار عضو از آنها در رأس چهار حوزه زير قرار گرفته و مسئوليت اداره و هماهنگى واحدهاى مربوط به خود را بر عهده دارند (نمودار شماره ٣)

١- عضو شوراى مركزى و مسئول حوزه روابط عمومى.

٢- عضو شوراى مركزى و مسئول حوزه امور استانها.

٣- عضو شوراى مركزى و مسئول حوزه هماهنگى كميته‌ها و واحدها.

٤- عضو شوراى مركزى و مسئول حوزه مهندسى جنگ جهادسازندگى.

از خصوصيات اين دوره قرار گرفتن وزير جهاد در رأس شوراى مركزى است.

همچنين تشكيل مركز تحقيقات و بررسى مسائل روستائى در اين دوره صورت گرفت. در اين دوره بخاطر حضور فعال جهادگران در كليه عرصه هاى توليدى و خدمات زيربنايى، و قرار گرفتن كشور در موقعيت خاص جنگى و ضرورت حضور جهادسازندگى در عرصه‌هاى سيلوسازى و سدسازى، همچنين تسريع در فعاليتهاى سازندگى، نياز به اداره و احداث واحدهاى صنعتى مرتبط با فعاليتهاى جهاد احساس مى‌شد و بخاطر محدوديت وظايف سازمانى جهادسازندگى كه شرح وظايف آن اجازه فعاليت در اين عرصه‌ها را نمى‌داد، با توافق نخست وزير وقت جناب آقاى مهندس ميرحسين موسوى قرار شد مؤسسات سه گانه توسعه، استقلال و نصر تأسيس شوند و بدليل منع قانونى تشكيل شركت از طرف جهادسازندگى مقرر شد تا بنياد جانبازان و مستضعفان، اين موسسات را تأسيس و به جهادسازندگى واگذار كند. بنياد هر سه موسسه را در مورخ ٢٠/ ٠٥/ ١٣٦٥ تأسيس و به جهاد واگذار كرد.

دلائل عمده تأسيس اين مؤسسات را مى‌توان بشرح ذيل خلاصه كرد:

١- قانون تجارت يكى از قوانين متقن و استوار كشور است و جهاد سعى داشت تا از اين ابزار نيز در راستاى سازندگى بهره ببرد. لذا با انجام فعاليت در قالب موسسات، اين امر ممكن بود، و جهاد با تدبيرى كه انديشيد توانست اين عرصه را بر روى خود بگشايد (پويايى جهاد).

٢- جهاد مى‌توانست در قالب اين موسسات، انعطاف‌پذيرى بيشترى داشته باشد تا در