شيوه‌هاى مخفى كارى بهره مى‌گرفت و هيچگاه باورهاى الحادى خود را به طور آشكار ابراز نمى‌كرد. به همين جهت است كه اينگونه انديشه‌ها را تنها در نامه هايى به دوستان صميمى و هم فكر خود ابراز مى‌داشت و يا در رساله «مكتوبات كمال الدوله» به شخصيت ساختگى كمال الدوله نسبت مى‌داد، بلكه او در راستاى فريبكارى هايش در رساله «قرتيكا» خود را مسلمان معرفى مى‌كند. (١١٢) و درموارد متعدد، براى اثبات مدعيات خود به آيات قرآن استدلال مى‌كند (١١٣) و در اعتراض به شاعرى كه در مدح پيامبر (ص) و آلش (ع)، اشعارى را سروده از او مى‌خواهد كه براى خشنودى رسول خدا (ص) به جاى سرودن شعر به احكام دين او عمل كند. (١١٤)

او در نامه‌اى به على خان، كنسول ايران درتفليس، درصدد رفع اتهام بى دينى از خود بر مى‌آيد و تلاش مى‌كند خود را مسلمانى پايبند به اسلام نشان دهد:

... شخص معلوم كه مى‌دانيد بناحق، محض خباثت باطن و اغراض نفسانيه خود، مرا دشمن دين و دولت مى‌شمارد. من دشمن دين و دولت نيستم. من جان نثار و دوستدار ملت و دولتم، يحتمل كه از اين نوع وطن پرستى من خصومت دينى مستفاد گردد. اما نه بدان درجه كه معاندان مى‌پندارند. شما مى‌دانيد كه من در اسلاميت چه قدر راسخ القلبم و هرگز دينى را در دنيا بر دين اسلام ترجيح نمى‌دهم. سوره «كهيعص» را كه در حضور حاجى ابوالفضل براى شما تفسير كردم از من شنيديد و در اين اعتقاد، اولاد و اخلاف من نيز پيرو من خواهند بود. منظور، رفع اسلاميت نيست، معاذ اللّه‌ از اين نيت نكوهيده، بلكه منظور در اسلاميت، رفع جهالت است و ارتفاع ترقى در علوم و فنون و ساير جهات. (١١٥)

(١١٢) آخوند زاده، فتحعلى، مقالات فارسى، ص ٣٢.
(١١٣) همان، ص ٣٩ و ٥٤.
(١١٤) همان، ص٥٢.
(١١٥) آخوند زاده، فتحعلى، الفباى جديد ومكتوبات، ص١٧٨.