از اختلافاتی که اخیراً می بینید به جان هم افتاده اند و روزنامه ها چه می کنند، بری باشیم.» دو روز بعد (٣/٤/١٣٥٩) ملاقات چهارساعته مهمی میان رئیس جمهور و اعضای شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی در منزل دکتر محمدجواد باهنر صورت گرفت که در آن مذاکرات مهم و تعیین کننده ای درزمینه مسائل جاری انجام شد و تصمیماتی به منظور ابهام زدایی و ایجاد جو تفاهم اتخاذ گردید. این جلسه که به "میثاق وحدت" شهرت یافت، به خصوص در شهریورماه ١٣٥٩، درحقیقت مناقشات بی پایان دیگری را در درون خود پرورانده بود و روز به روز فاصله میان این دو جناح داخل نظام را بیشتر می کرد.

در ٢٩/٤/١٣٥٩، حجت الاسلام هاشمی رفسنجانی با رأی ١٤٦ تن از نمایندگان مجلس به ریاست مجلس شورای اسلامی انتخاب شد. در همان روز، فرمان تاریخی امام خمینی برای تشکیل دولت مکتبی، قاطع و جوان صادر گردید که در آن چنین آمده است: «اگر دولت مثل سابق باشد، با آن دید و آن وضع، باید عزای انقلاب را بگیریم... سفارتخانه ها حالا در هرجا که دست روی آن می گذارند، فاسد است، ... این مطالب را آقایان می خواهند با مغزهایی که در اروپا تربیت شده، درست بکنند، ما می خواهیم اسلام را اجرا بکنیم، ... ما چقدر سیلی از این ملیت خوردیم!... اینها باید منحل باشند، ما از اینها ضربه دیدیم... یک دولت متدین تمام، صددرصد اسلامی و قاطع، یک نفر وزیر اگر مثل بعضی از این وزرا که الآن هستند باشد، اینها نپذیرند... باید همین مجلس یک مجلسی باشد که با قاطعیت عمل کند و دولت اگر بخواهد یک قدم کنار بگذارد، با قاطعیت بخواهدش و ردش کنند.»

با یک چنین مقدماتی که در قالب رویدادهای مهم سیاسی میان گروه های داخل نظام رخ نمود، وارد فضای سیاسی مرداد ١٣٥٩ می شویم. در این ماه باوجود میثاق وحدت و قول و قرارهایی که میان دو جناح رقیب گذاشته شده بود رئیس جمهوری، ابوالحسن بنی صدر و مجلس شورای اسلامی مدت ها برای انتخاب نخست وزیر اختلاف داشتند. مجلس به نخست وزیرِ پیشنهادیِ وی رأی اعتماد نمی داد زیرا او را فاقد کارآمدی و اوصاف موردنظر برای اعمال خط امام می دانست. درنهایت، محمدعلی رجایی ازطرف رئیس جمهور به مجلس معرفی شد. مجلس شورای اسلامی نیز در ٢٠ مرداد ١٣٥٩، به آقای رجایی رأی اعتماد داد. اما مخالفت رئیس جمهور - که با مواضع وی مشخص بود که با اکراه تن به معرفی رجایی داده است - و نیز کارشکنی وی در معرفی وزیران، به خصوص مخالفت با سه وزیر امور خارجه، دفاع ملی و کشور، پیشرفت کار دولت را با وقفه و مشکل مواجه ساخت. این مشکلات درکنار دامن زدن به اختلافات داخلی - که اوج آن در سخنرانی بنی صدر در ١٧ شهریور ١٣٥٩ بود و در آن رئیس جمهور به شدت به حزب جمهوری اسلامی حمله کرد و آن را به کارشکنی و توطئه علیه رئیس جمهور متهم ساخت - باعث تشدید اختلافات در لایه های بالایی حکومت و کندی کار دولت می شد که این موضوع نیز به عنوان یکی از عوامل اصلیِ تصورِ غلط صدام از اوضاع داخلی ایران و ترغیب وی به تسریع در شروع جنگ علیه ایران، قلمداد شده است.