به روی او بسته می شد، در اول آبان ماه ٥٨، به شورای انقلاب هشدار و به محضر امام پیام داد که مشکلات و خطرات تهدیدکننده چنان است که تنها اگر تمام عوامل و مقامات دست به دست داده، یکدل و یک جهت کار کنیم می توان امیدوار به نجات و توفیق بود. و چون هشدار و دعوت فوق مفید چندان واقع نشد، در ١٤ آبان ماه ٥٨، استعفای خود را تقدیم و تقاضا نمود کسانی یا مجموعه ای را که هماهنگی داشته، علیه خود مزاحمت و اختلاف ننمایند مسئول ادارۀ مملکت و پیشبرد انقلاب فرمایند که خوشبختانه مورد موافقت قرار گرفت. پس از استعفا و مأموریت یافتن شورای انقلاب برای ادارۀ مملکت، ملاحظه فرمودید اکثراً وزرا همان منتخبین دولت موقت بود، جز معدودی آقایان تازه نفس کسان دیگری را نیافتند و اقدامات انقلابی چشمگیری هم بیش از ادامۀ آنچه ما نموده بودیم نکردند.

وقتی آقای بنی صدر رئیس جمهور شدند، در سخنرانی های خود همان تأکید و توصیه های دولت موقت دایر به رعایت انضباط در کشور، تمرکز قدرت، حمایت از خدمتگزاران، توجه به کارهای تولیدی و فعالیت و سازندگی را به مردم و مقامات می نمودند، به طوری که به زودی ازطرف مخالفین متهم به دنباله روی از بنده شدند.[١]»

بازرگان در ادامه به مسئلة مبارزه با امریکا می پردازد و می نویسد:

«وقتی با جسارت و حدّت بی سابقه پنجه در پنجۀ ابرقدرتی چون امریکا اندازیم چرا نباید لااقل قسمت عمدۀ مسائل و مصائب را ناشی از این جهات و اقدامات دانست و به جای کوبیدن دوستان، درجهت وحدت و همدلی عمل بکنیم؟

چو کردی با کلوخ انداز پیکار حذر کن کاندر آماجش نشستی

وای به حال وقتی که حریفان به جای کلوخ و کمان، بمب اتم و قدرت بی پایان یا حیله و وسیله های کلان در چنته داشته باشند. شوخی نیست! این انقلاب از همۀ انقلاب های دنیا و حتی قیام انبیا وسیع تر و شدیدتر است، چه توقعی است که بی دردسر و بی تلفات و بی مشکلات رد شود؟ درست است که عنایت خداوندی و اعجازهایی شامل رهبر انقلاب و ملت بوده است و ان شاءالله خواهد بود، ولی مفهوم و وعدۀ قرآن "ولنبلونّکم بشیءٍ من الخوف و الجوع و نقص من الاموال و الانفس و الثمرات و بشّر الصابرین" هم سر جای خود هست. چرا صحبت از مسامحۀ خودتان و متصدیان می فرمایید یا مسائل فرعی و ظواهر جزئی جلوی چشم آمده، کوه مشکلات و مسائلی را که با آنها روبه رو هستیم در نظر نمی آید؟ آیا برای وزرا و مسئولین، باقی مانده و می ماند که مسامحه کنند؟ این خود ناشکری و دلسردکردن خدمتگزاران نیست؟ معنای "من لم یشکر المخلوق لم یشکر الخالق" چیست؟»

[١] اشاره به این که در میتینگ سازمان پیکار و دیگر گروه های چپ تندرو شعار "راه بنی صدر- راه بازرگان" داده می شد.