در مورد سى سال شاگردى ملا اسماعيل خواجويى در اصفهان، گذشته از اين كه روشن شد نراقى سى سال در اصفهان نبوده، مردود بودن اين امر از راه ديگر نيز قابل اثبات است و آن اين كه خواجويى در سال ١١٧٣ ق وفات يافت و در آن زمان نراقى حدود ٢٧ سال داشته است. از اين گذشته بعيد است نابغه‌اى مانند نراقى به مدت سى سال، آن هم در سنين جوانى، تنها در درس يك استاد شركت كند.

ظاهرا منشأ اين سخن، گفته سيدمحمد شفيع چاپلقى (م ١٢٨٠ ق) است. وى كه در رديف شاگردان شاگردان نراقى است، در شرح حال او مى‌نويسد:

قرأ على العالِم الكامِل علامة زمانه ملا إسماعيل الخاجوئي في ثلاثين سنة على ما سمعتُ. (١٥)

عبارت «على ما سمعت» ترديد نويسنده را مى‌رساند و نشان مى‌دهد كه اين مطلب، اساس قابل اعتمادى ندارد.

هجرت به عراق

انيس الموحدين، در صفحه ٧ و نيز تهيه كنندگان اثر آفرينان، جلد ٦، صفحه ٣٣ هجرت نراقى به نجف و كربلا را مستقيما از اصفهان نوشته‌اند. نيز ظاهر عبارت مظفر در مقدمه جامع السعادات، صفحه «د» اين است كه سفر او از اصفهان بوده است. در حالى كه وى پس از اصفهان به كاشان بازگشت و مدتى در آن جا مشغول فعاليت‌هاى فرهنگى از جمله اقامه نماز جمعه بود و پس از آن راهى عراق شد. معاصر او ابوالحسن غفارى كاشانى در زمان حيات نراقى مى‌نويسد:

در اصفهان آن جناب را ترقى معقولى در جميع علوم از فقه، حديث، تفسير كلام اللّه‌ مجيد، اصول فقه و حكمت و اشارات و متعلقات آنها، علم رياضى به جميع اقسامه از هيأت و نجوم و استخراج تقويم و مجسطى و حساب و همچنين علم طب و علم كلام و ساير علومى كه موقوفٌ عليه

(١٥) اوايل كتاب الروضة البهيه.