براساس توافق فرماندهان و باتوجه به آمادگی کامل یگان ها، زمان اجرای طرح عملیاتی کربلای١ (طریق القدس) ساعت ٠٠:٣٠ دقیقه بامداد روز ٨/٩/١٣٦٠ و کلمه رمز آغاز عملیات "یا حسین" تعیین شد.[١]-[٢]

همچنین باتوجه به لزوم هماهنگی بین یگان های سپاه و ارتش در عرصه نبرد و از آنجا که در قسمت هایی از محورهای عملیاتی، ترکیبی از این دو نیرو به طور مشترک وارد عملیات می شدند، براساس توافق فرماندهان سپاه و ارتش برای فرماندهی نیروها تدابیری اتخاذ شد که سرهنگ علی صیاد شیرازی فرمانده نیروی زمینی ارتش آن را به شرح زیر ابلاغ کرد:

«نحوه فرماندهی یگان ها:

الف) فرماندهی نیروهای هجوم کننده که اکثر آنان برادران سپاهی پاسدار بوده و یا ترکیبی از پیاده و سپاه می باشد، به عهده برادران سپاه پاسداران می باشد.

ب) فرماندهی نیروهای زرهی و پیاده و مکانیزه به عهده فرماندهان نظامی خود بوده، ولی بایستی طبق تدبیر عملیاتی اتخاذشده و به موازات پیشروی نیروهای هجومی در نگهداری زمین های پاک سازی شده و پشتیبانی یگان های در خط کوشش نمایند.»[٣]

محسن رضایی فرمانده کل سپاه نیز سلسله مراتب فرماندهی و مسئولیت برخی امور را در زمان اجرای عملیات بدین ترتیب اعلام و ابلاغ کرد:

«برای انجام سریع و صحیح عملیات و پشتیبانی و هدایت، مراتب زیر به کلیه رده های تشکیلاتی ابلاغ می شود. بدیهی است که برادران مسئول براساس این ابلاغ فعالیت های خود را هماهنگ کرده و تطبیق دهند.

[١] ابتدا تصمیم برآن بود که عملیات یک روز قبل آغاز شود، اما با درخواست فرمانده تیپ٣ زرهی لشکر٩٢ به دلیل انجام دادن برخی هماهنگی های نهایی، عملیات ٢٤ ساعت به تعویق افتاد.

[٢] اسناد تکمیلی عملیات طریق القدس، مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ: سال ١٣٦٠، ص١١٦، ١٣٨٣؛ و- سند شماره ١٥٤١٤٢ مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ: از قرارگاه عملیاتی لشکر١٦ زرهی (رکن٣) به فرماندهی سپاه پاسداران خوزستان، ٧/٩/١٣٦٠، سند تک برگی.

[٣] سند شماره ١٥٤٥٤٦ مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ: از ق م نزاجا در جنوب (رکن٣) به فرمانده عملیات کربلای١، ٧/٩/١٣٦٠، صص ٣ - ١.