در وقعه جمل نهى نمود. او يكى از دو نفر حكم بعد از صفّين بود، او را با عمرو عاص كه حكم و داور ديگر بوده داستانى است مشهور كه بطور خلاصه ثبت اوراق مى‌نمايد:

پس از آنكه نوبت خلافت به حضرت على ع رسيده و معاويه بمقام معارضه درآمد، عمرو بن عاص از طرف او و ابو موسى از طرف آن حضرت به داورى و حكميّت معين گرديدند و هردو داور در دومة الجندل جمع شدند. ابن عاص در هرجا ابو موسى را بر خود برترى ميداد، در صدر مجلسش مى‌نشاند، پيش از وى حرف نمى‌زد و غذا نميخورد بلكه در نماز هم بدو اقتدا مى‌كرد و همواره او را به صاحب رسول اللّه مخاطب ميداشت، تا آنكه ابو موسى گول خورد و برفتار و گفتار بى‌حقيقتش اطمينان كامل بهم رسانيد. روزى ابن عاص رأى او را در موضوع داوريشان استفسار نمود، در پاسخ گفت رأى سديد آن است كه على و معاويه هردو را از خلافت عزل كنيم و اين امر مقدس را شوروى نماييم كه مردم هركس را شايسته دانند انتخاب نمايند، ابن عاص نيز بموافقت وى سوگند خورد و باز بحكم آن عادت فطرى مردم فريبى و چاپلوسى كه داشت او را وادار نمود كه اين مرام را بمردم القا نمايد. ابن عباس، از روى بصيرت بسزائى كه نسبت به خبث باطن ابن عاص داشت معتقد بود كه اين كار ابن عاص بى‌اساس و مبتنى بر خدعه ميباشد وگرنه خودش در القاى اين مرام، مقدم باشد و در اين پيشنهادش مصرّ بود، لكن اين اصرارش كارگر نشد. ابو موسى نخست خطبه‌اى خوانده و گفت كه من على و معاويه هردو را خلع كردم، شما هركه را شايسته دانيد انتخاب كنيد پس ابن عاص بپا شد و بعد از خطبه‌اى اظهار داشت: چنانچه ابو موسى صاحب خود على را خلع كرد من هم موافقت دارم، لكن صاحب خودم معاويه را كه از طرف او داور هستم خلع نميكنم و خلافت او را تنفيذ مى‌نمايم زيرا كه خون‌خواه عثمان است و باستقرار در مسند خلافت اولى از ديگران ميباشد، پس ابو موسى بدو گفت، خدا توفيقش را از تو سلب نمايد كه مرا فريب دادى و همانا مثل تو، مثل سگ است اين تحمل عليه يلهث ابن عاص هم گفت مثل تو نيز مثل الاغ است بدينجهت بود كه حضرت امير المؤمنين عليه السلام، بعد از نماز صبح و مغرب، معاويه و ابو موسى و ابن عاص‌