كانت آخر موقعة خاضها الإمام علي(عليه السلام) هي موقعة النهروان، حيث خاض بها قتالاً ضد المجموعة التي فرضت التحكيم عليه في صفين، ولكنها ندمت بعد عدة أيام، فنكثت عهدها وخرجت من بيعة الإمام، وقد عرفوا فيما بعد باسم "الخوارج" أو "المارقين"، وقد انتصر عليهم الإمام(عليه السلام)، وكان يتهيأ لاستئناف قتال المتمردين في الشام بعد أن فشل التحكيم عند اللقاء بين الحكمين، بيد أنّ الإمام(عليه السلام)استشهد على يد أحد أفراد الخوارج وهو "عبد الرحمن بن ملجم" عندما طعن الإمام بسيف وهو في سجوده، عند صلاة الفجر في مسجد الكوفة صبيحة اليوم التاسع عشر من رمضان سنة أربعين للهجرة بعد خمسة أعوام من الحكم.

وقد بقي الإمام(عليه السلام) يعاني من علته ثلاثة أيام، عهد خلالها بالإمامة إلى ولده الحسن السبط(عليه السلام) ليمارس بعده مسؤولياته في قيادة الأمة.

وهذا الاستخلاف لم يكن بلحاظ أنّ الحسن(عليه السلام) كان ابناً لعلي(عليه السلام)، أو أنّه كان الأصلح للخلافة بنظره، وإنّما عملاً بأمر الله تعالى الذي اختار خلفاء الرسول(صلى الله عليه وآله وسلم)الإثني عشر ـ كما مر سابقاً ـ حيث كان الإمام الحسن(عليه السلام) ثانيهم.