در مباحث اصولى مانند حجيت اصول مثبته و در علوم قرآنى و برخى مسائل مستحدثه نيز رساله‌هايى فراهم آمده است. عناوين پاره‌اى از اين رساله‌ها از اين قرار است:

اصالة الصحّة، نقل اعضاء البدن، احكام شروط در عقد، اصالة اللزوم، حكم اهل الكتاب، الاسراف في الكتاب و السنّة، مسؤولية الطبيب و ضمانه، استصحاب در موضوعات مركّبه، غناء، نجاسة الخمر، حكم التصوير، المؤونة المستثناة في الخمس، وجوب خمس ارباح مكاسب، اجزاء الأغسال عن الوضوء،

الحكومة و الورود، قضاء ولى الميّت، تسامح در ادلّه‌ى سنن، العرف و المتعارف، الكلام فى ثبوت الولاية على الباكرة الرشيدة فى امر الزّواج، حول كلام الشيخ فى عدّة لايروون و لايرسلون إلاّ عن ثقة.

يكى ديگر از پژوهشهاى مهم در دست اقدام اين مؤسسه، شرح جامع كتاب وسائل الشيعه است. اين كتاب از كتابهاى مهم و مرجع فقها است و شرح مناسبى تا به امروز بر آن نوشته نشده است. مؤسسه بقية اللّه‌ براى شرح اين كتاب برنامه‌اى در ده محور دارد و سرفصلهايى را تهيه كرده است.

اين كار از نخستين سال تأسيس اين مؤسسه، شروع شده و فيش برداريهاى بسيار گسترده‌اى تاكنون در زمينه‌هاى مختلف انجام گرفته است. در مورد هر حديثى در دو بخش بحث و بررسى مى‌شود: بخش سند و بخش متن. در بخش سند حدود ده محور به بحث گذاشته شده است.

وجه طبقه بندى هر حديث در يكى از اوصاف چهارگانه صحيح و حسن و موثوق و ضعيف و نيز اوصاف غير معروف معلّقه و معلّله و غيره، تحليل مى‌شود. گاهى معايب يا محسّنات يك