اساتيد و اشتغالات فراوان آنان مثل مرجعيت، جايگاهى براى طرح آن نمى‌بينند، با تكرار اين گونه موارد، قهراً به طلاب حالت يأس دست مى‌دهد، و ديگر به طور جدّى و عميق دنبال مسائل نمى‌روند. اين وضع باعث افت انگيزه مى‌شود كه افت علم را به همراه دارد.

٢ ـ مطالبى كه در سطح خوانده مى‌شود با آنچه كه در درسهاى خارج مطرح مى‌شود، ناهمگون است. كتبى كه در سطح خوانده مى‌شود، مثل رسائل يا كفايه، در كمال اتقان و اهميت هستند، ولى در مدت پس از تأليف اين كتابها دانش فقه و اصول توسط محققان بعدى رشد كرده و تحولاتى يافته است. امروز فقه و اصول خيلى با گذشته تفاوت پيدا كرده و مباحث آن رشد يافته و مباحث جديدى مطرح شده است، همچنين منهج استدلال در مواردى متحول شده و با گذشته تفاوت يافته است. در درس خارج افكار و آراى محققان بعد از عصر شيخ انصارى و آخوند خراسانى مانند محقق نائينى و محقق عراقى و اصفهانى و... مورد تحقيق و بررسى قرار مى‌گيرد. طلبه قبل از آغاز درس خارج بايد با اين افكار و آرا آشنا باشد و در درس خارج به تحقيق و بررسى آنها بپردازد، اما اگر اصلاً با چنين مبنا و مطلب و منهجى آشنا نباشد، در درس خارج بايد وقتش را صرف تصور اين مفاهيم كند، تا به تصديق برسد و بعد به تحقيق بينجامد. در نظام آموزشى فعلى حوزه نوعى ناهمگونى و گسست ميان آموزه‌هاى دوره سطح و آموزه‌هاى دوره خارج مشهود است. براى پر كردن اين گسست و يافتن حلقه مفقوده ميان مرحله سطح و مرحله خارج بايد چاره‌اى انديشيده شود.

٣ ـ خلاء مراكز يا مؤسساتى كه طلبه محقق براى حل معضلات علمى خود و طرح ابهامات و اشكالاتى كه به ذهنش مى‌رسد، يا براى عرضه فرآورده‌هاى علمى و نوشته‌هايش بدان جا مراجعه داشته باشد. در حوزه‌هاى قديم در نجف اشرف، استاد صبح مثلاً مكاسب تدريس مى‌كرد و عصر يك ساعت براى مرور و رفع اشكالات آن مى‌گذاشت. يعنى استاد دو ساعت تدريس مكاسب داشته،يكى تدريس متن كتاب و ساعت