فرمانده لشكر اسلام، جعفر بن ابى‌طالب، نيروهاى تحت امر خود را جهت شروع عمليات، سازماندهى و دسته‌بندى كرد و فرمانده هر دسته را مشخص نمود. وقتى جنگ آغاز شد، جعفر هم فرماندهى و هدايت نيروها را به عهده داشت و هم به صورت رزمنده‌اى دلير مى‌جنگيد. از رجزها و حماسه‌هايش هنگام حمله، شجاعت روحى او و ايمان استوارش مشخّص است. از جمله اين‌گونه مى‌گفت:
خوشحالم كه بهشت پاكيزه با نوشيدنى‌هاى گوارا نزديك شده و نابودى روم هم- كه به آيين توحيد، كفر ورزيده و علايق و ارتباط آنان از ما دور گرديده است- نزديك است. من مصمّم هستم كه هر موقع با آنان روبه‌رو شدم، ضربت خود را بر آنان وارد سازم. «١» شهادت جعفر در درگيريهاى شديد جنگ موته جعفر بن ابى‌طالب رشادتهاى بزرگى نشان داد. هنگامى كه در محاصره دشمن قرار گرفت و خود را در آستانه شهادت ديد، از اسب پياده شد و براى اينكه دشمن از اسب او استفاده نكند، آن را پى‌كرد و پياده با دشمن جنگيد تا دست راستش قطع شد. براى اينكه پرچم رسول خدا بر زمين نيفتد، آن را به دست چپ گرفت.
دست چپ او هم قطع شد. پرچم را با بازوان خود افراشته نگه داشت تا اينكه با جراحات بسيار به شهادت رسيد. «٢» نقل شده كه ميان دو شانه جعفر نشان هفتاد و دو زخم شمشير و نيزه يافتند. «٣» خبر شهادت‌ روز نبرد موته، پيامبر (ص) بر منبر نشست. فاصله ميان ايشان و شام برداشته شد و در حالى كه به ميدان جنگ مى‌نگريست، فرمود: