آسماني قداست پيدا کند و هر گونه مخالفت با آن را بدعت در دين بشمردند؛ بنابراين، بر اثر جزميت و دگماتيسم و انعطاف نداشتن کليسا نسبت به انديشه‌ي رايج از يک طرف، و رشد و گسترش علوم طبيعي از طرف ديگر و در نتيجه‌ي زايش تعارض و چالش ميان علم و دين، فرزندي به نام جداانگاري دين از دنيا پديد آمد. استاد مطهري در اين باب چنين مي‌نگارد:

کليسا علاوه بر عقايد خاص مذهبي، يک سلسله اصول علمي مربوط به جهان و انسان را که غالباً ريشه‌هاي فلسفي يوناني و غيريوناني داشت و تدريجاً مورد قبول علماي بزرگ مذهب و مسيح قرار گرفته بود، در رديف اصول عقايد مذهبي قرار داد و مخالفت با آن علوم رسمي را جايز نمي‌شمرد، بلکه با شدت با مخالفان آن عقايد مبارزه مي‌کرد. خطاي عمده‌ي کليسا در دو جهت بود! يکي اين که کليسا پاره‌اي معتقدات علمي بشري موروث از فلسفه‌ي پيشين و علماي کلام مسيحي را در رديف اصول مذهبي قرار داد و مخالفت با آن‌ها را موجب ارتداد دانست؛ ديگر اين که حاضر نبود صرفاً به ارتداد اکتفا کند؛ و هر کسي که ثابت مي‌شد مرتد است، او را از جامعه‌ي مسيحيت طرد کند، بلکه با نوعي رژيم خشن در جست وجوي عقايد ما في الضمير افراد بود. [١] دامپي‌ير نيز مي‌نويسد: انديشه‌ي مسيحي با دانش غير ديني آشتي‌ناپذير شد و آن را با کفري که مسيحيان براي غلبه بر آن به پا خاسته بودند، يکي شمرد و به دستور اسقف تئوفيلوس قسمتي از کتاب‌خانه‌ي اسکندريه در ٣٩٠ م نابود گرديد و به طور کلي جهل را فضيلت دانستند. [٢]

استبداد کليسا – به جاي برخورد عاقلانه با مخالفان- را مي‌توان در تشکيل دادگاه‌هاي تفتيش عقايد و محاکمه‌هاي بسيار سنگين، هم چون سوزاندنِ بدعت‌گذاران ديد. به گفته‌ي ويل دورانت از سال ١٤٨٠ تا ١٤٨٨- به مدت هشت سال- ٨٨٠٠ تن سوخته و ٩٦٤٩٤ تن به کيفرهاي مختلف محکوم شدند. [٣] کليسا با مقدس شمردن اصول و عقايد عقلي و طبيعي که ريشه‌ي يوناني و رومي داشت و نيز با پذيرش ديدگاه علمي مرکزيت زمين و نياز حرکت به محرک و اعلام عصمت و مصونيت کليسا از هر گونه خطا

[١] مرتضي مطهري، مجموعه آثار، ج ١ و علل گرايش به ماديگري، ص ٤٨٧.

[٢] دامپي‌ير، تاريخ علم، عبدالحسين آذرنگ، ص ٨٩.

[٣] ويل دورانت، تاريخ تمدن، ج ٦، ص ٣٦٠.