راه چند تن از اجامر و اوباش در شصت و سه سالگى بقتلش آوردند و جسد او تا صبح بر روى خاك ماند. از آنرو كه نيشهاى قلمى مير، نسبت بشاه و كم‌لطفى شاه نسبت باو اظهر من الشّمس بود كسى جرأت حاضر بودن در سر نعش او را نداشت، شاه نيز بمجرّد شنيدن قضيه اظهار اسف كرده و فرمان داد تا جارچى‌باشى در كوچه و بازار اصفهان جار زد كه كشندگان مير، در امان هستند، بيايند و از شاه انعام بگيرند، ايشان نيز بطمع مال حاضر شدند، شاه فرمود تا جلّاد حاضر شد و ايشان را چهار پارچه نمود تا عبرت مردمان گردد. اوّل كسى كه ناله‌كنان و بى‌ترس و بيم بر سر نعش مير، حاضر شد ميرزا ابو تراب و ساير شاگردان و دوستان خود مير بودند و از طرف شاه نيز جمعى از شاهزادگان و درباريان حاضر و در محله‌اى كه در اين اواخر بظلمات مشهور است در مسجد مقصود بيگ مدفونش ساختند و بعد از انتشار خبر، در اكثر بلاد، مجلس ترحيم براى او اقامه كردند.

از تاريخ عالم‌آراى عباسى نقل است كه ميرعماد، بين الجمهور بتسنّن مشهور بوده و لذا استاد مقصود مسگر قزوينى از غلوّ تشيّع و يا رفع مظنه تسنّن كه عامّه اهل قزوين بدان متّهمند مرتكب قتل وى گرديد و بالجملة آنچه مسلّم است ميرعماد بدستور شاه عباس اوّل كشته شد كه از وى دلتنگ بود و حسب الامر او عده‌اى از مأمورين بطور ناشناس شبانه او را كشتند و در روز مطلب را بطور ديگر وانمود كرد و چون اسكندر بيگ مؤلف تاريخ عالم‌آرا منشى مخصوص شاه بوده نخواسته است كه حقيقت را بنويسد.

در تذكره نصرآبادى گويد: از كثرت محبّتى كه شاه عباس نسبت بحضرت على ع داشته بجهت همان شهرت كاذبه تسنّن مير، با وى عداوت كرده و مقصود بيگ را گفت كسى هست كه اين سنّى را بكشد مقصود بيگ نيز در همان شب كه مير، بحمام ميرفته او را كشت.

در تذكره حسينى گويد: شاه عباس هفتاد تومان براى مير فرستاد كه شاهنامه را براى شاه بنويسد مير هم قبول كرد بعد از يكسال شاه كس فرستاده و شاه‌نامه را مطالبه نمود مير نيز هفتاد بيت از آن را كه نوشته بوده بحضور شاه فرستاد و پيغام داد كه آن پول عنايتى شاه زياده از اين را نشايد شاه بى‌دماغ شد و ابيات را پس فرستاد و هفتاد تومان‌