بإمامة محمد بن إسماعيل بن الإمام الصادق و هؤلاء قلة، و لم يسمعوا النص على الإمام موسى من أبيه، و بعد مدة رجع أكثرهم إلى القول بإمامته. و منهم من قال بإمامة موسى (عليه السلام) للنص عليه من أبيه، و سيأتي بيان ذلك.

و كان عبد اللّه الأفطح قد ادّعى الإمامة و اتبعه البعض، و لم يكن عنده علم، و لم يجدوا فيه مؤهلات الإمامة، فرجعوا عنه.

و قام الإمام موسى (عليه السلام) بأعباء الإمامة في ذلك العصر المضطرب بالفتن، و قد كثرت فيه الخلافات في الآراء، و ظهرت فيه العقائد المختلفة، و نبغ أناس حادوا عن طريقة المسلمين، فجاءوا بآراء إلحادية، و نشروا أقوالا تثير الشك. فكانت مدرسته التي تزعّمها بعد أبيه تواصل نشاطها في قمع تلك الحركات، و صدّ تلك الهجمات عن الدين الإسلامي. و خرج دعاة الإمام موسى إلى الأقطار الإسلامية لنشر الدعوة و التصدّي لردّ تلك الأقوال، و تنفيذ تلك الآراء التي انتشرت في المجتمع الإسلامي.

و الذي يظهر من تتبع الروايات أنه في بدء أمره كان يحذر أشدّ الحذر من المنصور الدوانيقي، لأن المنصور ملأ المدينة بالجواسيس ليعرف على من يجتمع الناس بعد جعفر بن محمد الصادق (عليه السلام) فإذا عرفه فهناك سيحتال لقتله لعلمه بتعلق الناس بأهل البيت، و أن الإمام الصادق قد انتشر ذكره، و تفرّقت دعاته في جميع الأقطار و لا بد أن يقوم مقامه أحد، فرأى (عليه السلام) في بدء الأمر، أن يحذر و يحسب لنقمة المنصور حسابها، و لكن بعد وفاة المنصور سنة ١٥٢ ه خفّت الوطأة و قل الحذر عند ما ولي المهدي، لأنه أقل شدة من أبيه في معاملة أهل البيت (عليه السلام).

و لكن التفاف الناس حول الإمام موسى بن جعفر (عليه السلام) و إقبالهم على أخذ الأحكام منه و الرواية عنه، جعل المهدي قلقا من أمره، لأنه أعرف الناس بمنزلة أهل البيت في قلوب الأمة. فهم الساسة الذين ابتعدوا عن الاستغلال و الأثرة، و جانبوا كلما من شأنه أن يضع من قيمة تلك المنزلة السامية، و هم يحتفظون بمكانتهم الروحية و رتبهم العلمية، لم يطلبوا بذلك جاها، أو يحاولوا جمع الأموال و صرفها في غير ما شرعه اللّه.

و قد أوضحوا في سيرتهم أنهم ينهجون نهج جدّهم الرسول الأعظم في إقامة العدل و نصرة المظلوم و إعلان الحرب على الظالمين و بذل النصح لجميع المسلمين.