أدانت الحوزة العلمية في قم المقدسة ـ بمراجعها وأساتذته وطلابها ـ بشدّة الاعتداءات السافرة التي قام بها الحقد البغيض على مقام الإمامين العسكريين (عليهما السلام) في مدينة سامراء ، وقد أعلنت الحوزة العلمية تعطيل الدروس ثلاثة أيام متتالية ، ونظّمت سلسلة من التظاهرات المندّدة التي شارك فيه بعض مراجع التقليد وأساتذة الحوزة ، وعموم الطلبة .

وقد أصدر المراجع العظام سلسلة بيانات ومواقف مندّدة بهذ الحدث الغاشم والعدوان السافر :

فأصدر آية اللّه‌ العظمى الإمام السيد علي الخامنائي حفظه اللّه‌ بياناً أدان فيه الاعتداء الذي جاء ثقيلاً على قلوب الشيعة وجميع المسلمين المحبين لأهل البيت (عليهم ‌السلام) ، وأشار بيان السيد القائد إلى احتمال أن يكون وراء هذا الاعتداء جماعة من المتعصّبين المتحجّرين الذين كانو أداةً تنفيذية للمخططات التي ينظمه المتآمرون الشيطانيون ضدّ الإسلام .

واعتبر البيان أنّ هذه الجريمة جريمة سياسية ، ولا بدّ من البحث عن جذورها في الأجهزة المخابراتية لمن يحتلّ العراق ، وعند الصهاينة أيضاً .