اگر چه ممكن است در بعض اذهان مسئله اختلاف فتاواى مجتهدان، يكى از مشكلات حكومت اسلامى به شمار آيد و چه بسا دستاويز دشمنان اسلام براى تضعيف روحيه مسلمين در زمان غيبت معصوم باشد، لكن با كمى دقّت معلوم مى‌شود كه اختلاف فتوا مشكلى را براى حكومت ايجاد نخواهد كرد؛ زيرا همان گونه كه ادلّه شرعى در باب اجتهاد و تقليد راهنمايى مى‌كنند، براى هركس اجتهاد و يا تقليد صحيح خودش حجت است و قهراً در حكومت اسلامى بايد اين اجتهاد و يا تقليد محترم شمرده شود و هركس آزاد است به استناد اين حجّت شرعى، اعمال خود را پايه گذارى كند و چون در بيشتر احكام اختلاف فتوايى نيست، در اين قسمت به محذورى برخورد نمى‌كنيم. اما در موارد اختلاف فتاوا، آحاد مردم در كارهايى كه آزادانه به آن مشغول اند، با استناد به حجّت شرعى كه اجتهاد يا تقليد است، عمل مى‌كنند و مسئولان حكومت نيز تحت ولايت فقيه كه رهبرى حكومت را برعهده دارد، انجام وظيفه مى‌كنند و قهراً فتواى ولىّ امر، ملاك عمل آنان است. اينان كارگزارانى هستند كه نظريات فقهى ولىّ امر را كه گرداننده و سررشته دار حكومت است، به اجرا مى‌رسانند. آنان نه آحاد را بر نظر خود ملزم مى‌كنند و نه تسليم كسانى مى‌شوند كه حجّت شرعى بر خلاف نظر ولىّ فقيه دارند. در صورت برخورد با چنين افرادى، اگر مسئله در مورد معاملات و امور اقتصادى است، ناچار يا طريق احتياط ملاك عمل قرار مى‌گيرد و يا معامله با ديگرى كه با ولىّ امر وحدت نظر دارد، انجام مى‌پذيرد و در مراجعه به محاكم قاضى با احترام به حجّت شرعى كه متداعيين دارند، به فصل خصومت ميان آنان مى‌پردازد و در مقام اجراى حدود و تعزيرات، اگر مرتكب عمل براى خود اجتهاداً يا تقليداً مجوزى دارد، لااقل به حكم «الحدود تدرء بالشبهات» از مجازات معاف خواهد بود و اگر او بر خلاف نظر قاضى خود را مستحق مجازات مى‌داند، قاضى او را مؤاخذه نمى‌كند.