پیروزی انقلاب اسلامی نیز خط مشی ترویج علنی شوروی ادامه یافت و با وجود نیازهای شدید حزب توده به کسب پایگاه مردمی در فضای ضد روسی ایران، هیچ گاه از این مسئله کوتاه نیامد.

یکی از مسائلی که نورالدین کیانوری دبیرکل حزب در جلسات پرسش و پاسخ با آن مواجه بود، غالباً همین مسئله بود، اما وی همواره توجیهاتی ارائه می داد که نه تنها قانع کننده نبود، بلکه وابستگی همه جانبه ی این حزب را تأکید می کرد. در این رابطه از شعر و شعار هم که شده مدد می گرفت. مثلاً در یک جلسه ی پرسش و پاسخ، کیانوری پس از بحث پیرامون محسنات شوروی و ذکر تعاریف امثال مائو و کاسترو و دیگران از قهرمانی های آن کشور و نقش عظیم آن در انقلاب های آزادی بخش و... گفت:

«طبقات میرنده ی اجتماع، سلاحی جز آدم کشی، جنایت، تجاوز مسلحانه، دروغ گویی و افترازنی ندارند. از این دروغ ها در مورد اتحاد شوروی و حزب توده ی ایران بسیار گفته اند و باز هم خواهند گفت، اما بر خاکستر همه ی این دروغ ها، سرانجام طی یک نبرد طولانی بر پایه ی هم کاری همه ی مبارزان انقلابی هوادار سوسیالیسم علمی با مبارزان انقلابی مذهبی، پرچم سوسیالیسم در ایران به اهتزار در خواهد آمد.»

منظور از ذکر هم کاری با مبارزان مذهبی، توجیه تظاهر به پیروی از خط امام است که تحت عنوان تز لنینی اتحاد - مبارزه (وحدت در عین مبارزه برای پیشبرد اصول) تئوریزه می شد. حزب توده با زرنگی توانست بیش از همه ی گروه ها دوام بیاورد، اما نهایتاً با کشف سازمان مخفی نظامی حزب توده در ١٢ بهمن ١٣٦١، کیانوری دست گیر شد و تعداد زیادی از عناصر اصلی آن دست گیر شدند و به حیات سیاسی این حزب در جمهوری اسلامی خاتمه داده شد.

کشف سازمان نظامی مذکور را محافلی از جمله بقایای حزب توده به فرار یک مأمور کا.گ.ب. به نام نوریچکین و پناهنده شدن آن به غرب مرتبط کردند و کیانوری در کتاب خاطرات خویش که در سال ١٣٧١ منتشر شد، بر این مطلب صحه می گذارد در حالی که ویراستاران و پاورقی نویسان این کتاب که قاعدتاً وابسته به مراکز اطلاعاتی نظام جمهوری اسلامی و افرادی مطلع و بصیر هستند، در همین کتاب آن را رد می کنند.

با کشف سازمان مزبور مشخص شد که عده یی از افسران عالی رتبه ی ارتش جمهوری اسلامی از جمله ناخدا افضلی فرمانده پیشین نیروی دریایی و سرهنگ عطاریان از فعالین عملیات علیه ضد انقلابیون و عراق در شمال غرب عضو این سازمان بوده اند. از میان دست گیرشدگان عده یی (عمدتاً نظامیان) اعدام شدند، ولی مرکزیت حزب توده عمدتاً باقی ماند. احسان طبری مسلمان شد و به نشر آثار جدیدی مبنی بر اعتقادات جدید خود پرداخت که تا مرگ وی ادامه یافت. عده یی نیز امثال محمد اعتمادزاده (به آذین) بریدند، اما کیانوری با تعدیلاتی سر موضع باقی ماند و به اتفاق همسرش مریم فیروز که او نیز از سران این حزب محسوب می شد، بعدها به خانه یی تحت نظر منتقل گردید.

نکته ی مهم در برچیدن بساط گسترده ی حزب توده، توجه به موقعیت زمانی آن است. در موقعیت جنگی و توقف نسبی ما در خاک عراق و نیاز شدید ایران به تسلیحات و پشتیبانی سیاسی اتحاد شوروی، این اقدام شجاعانه یی بود که جمهوری اسلامی تاوان آن را با حمایت بیش تر شوروی از عراق و سرازیر شدن موشک های جدید به سوی این کشور پس داد، اما نقطه ی درخشانی از استقلال و سازش ناپذیری در موقعیتی مشکل از خویش نشان داد.[١]

[١] هادی نخعی، پیدایش نظام جدید (بحران های داخلی و تولد نیروهای مسلح انقلاب) روزشمار جنگ ایران و عراق، تهران: مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، ١٣٧٥، جلد اول، صص ٩٩ - ٩٧.