این اساس بود که این قوا همچون ارتش های موجود در سایر کشورها، یک نیروی مستقل به حساب آید و به صورت یک نیروی مستقل از فرماندهی کل سپاه، هدایت و رهبری شود؛ در راستای اجرای این برنامه بود که فرماندهی سپاه تصمیم به انحلال دو قرارگاه عملیاتی سپاه و جای گزینی قوای زمینی به جای آن دو گرفت و ستاد مشترک سپاه نیز عهده دار امور ستادی نیروهای سه گانه ی سپاه شد و غلامعلی رشید به عنوان فرمانده قوای زمینی و حسن باقری به سمت جانشین فرماندهی این قوا منسوب شدند، ولی نزدیک بودن زمان اجرای عملیات آتی (والفجر مقدماتی) و احتمال بروز برخی مشکلات از جمله تعیین رده ی جدید در سپاه و نیز پیامدهای احتمالی حاصل از قطع یک باره ی شخص فرماندهی سپاه (محسن رضایی) و جانشین وی (رحیم صفوی) با سرهنگ صیاد شیرازی و جای گزین شدن فرمانده جدید قوای زمینی سپاه با وی، موجب شد اجرای این تغییرات در تشکیلات سپاه به بعد از عملیات موکول شود، با این حال برای عملیات آینده، سپاه، ١١ لشکر هر کدام با ٣ تیپ سازمانی و ٣ تیپ مستقل عملیاتی را به عنوان سازمان رزم آماده ی اجرای مأموریت کرد.

هم زمان با این تغییرات که در گستره ی تشکیلات زمینی سپاه ایجاد می شد، راه اندازی نیروی دریایی سپاه نیز که از مدت ها پیش شروع شده بود به طور فزاینده یی پیش می رفت و از طرف سپاه پی گیری می شد. در دوره های پیشین بخش هایی از نیروهای سپاه در پایگاه های آموزشی نیروی دریایی ارتش دوره های آموزش عمومی را فراگرفته بودند و رفته رفته این دوره های آموزش عمومی جنبه های تخصصی تری پیدا کرد و اجرای عملیات های مشترک نیروی دریایی ارتش و نیروهای آموزش دیده ی سپاه در قالب سازمان عملیاتی نیروی دریایی ارتش صورت گرفت و نیروهای سپاه به هم راه شماری از افراد نیروی دریایی ارتش به اجرای عملیات پرداختند. در اواخر این دوره سپاه به دنبال تعریف جدید تشکیلات خود تحت عنوان قرارگاه مشترک دریایی بود. این امر به قدری در نظر تصمیم گیران سپاه ضروری بود که حتی در صدد برآمدند با تعدیل نیرو در نیروی زمینی سپاه امکان گسترش و توسعه ی نیروی عملیاتی دریایی سپاه را فراهم آورند و برای تحقق این امر فرماندهی سپاه در یک سفر برنامه ریزی شده به بوشهر در پایگاه دریایی با فرمانده نیروی دریایی ارتش درباره ی برنامه ریزی های آینده برای ارتقای کمی و کیفی نیروهای عملیات دریایی سپاه گفت و گو کرد. فرمانده نیروی دریایی ارتش درباره ی نتایج این دیدار و برنامه های پیش رو، به مسائلی اشاره کرد که حاکی از جدی شدن شکل گیری نیروهای جدیدی در سپاه پاسداران بود. وی گفت ما از سپاه دعوت می کنیم که با استفاده از نیروهای عظیم بسیج راه رهایی را باز کنند که این کار با تشکیل قرارگاه مشترک "نوح" در یکی از پایگاه های دریایی سپاه فراهم شده است. در این باره بررسی های مقدماتی انجام شده و هماهنگی های لازم به عمل آمده و قرار شد که