شدن آن، رفت و آمد برخي از زائران به آنجا باشد. محل مقبره علي بن جعفر در شارع مطار، پيش از ميداني که حکم يک چهارراه بزرگ را در ميانه راه مطار به سمت فرودگاه دارد، دست راست خيابان، در يک خيابان فرعي در درون نخلستان ها است. در کنار آن سنگ هاي حرّه و نيز کوهکي قرار دارد که از بالاي آن شهر مدينه ديده مي شود. برخي آن را بقاياي يک قلعه کوچک يا به اصطلاح اطم مي دانند که از پيش از اسلام يا اوائل آن برجاي مانده است. بناي مقبره و مسجد علي بن جعفر که ديواره هايي در حدود ٨ تا ده متر دارد و به صورت يک مستطيل بزرگ و با مساحت تقريبي ٥٢ متر در ٢٤ متر است، يک بناي دست کم دو طبقه مي باشد. دو در قسمت شمالي و يک در هم در ديوار غربي آن تعبيه شده که در حال حاضر همه آنها با آجر مسدود شده است. بخشي از مقبره از بيرون پيداست و مشخص است که سقف آن فروريخته است. شنيده شد که اين بنا اخيراً ـ نيمه نخست سال ٨١ ـ تخريب شده است.