درهاي مسجد در بناي آغازين و زمان پيامبر(صلي الله عليه وآله)، سه در براي مسجد ساخته شد. در بخش شرقي، باب جبرئيل بود، که زماني باب آل عثمان و باب النبي نيز ناميده مي شد. محل اصلي اين باب، در ديوار شرقي مسجد، حدود دو متر بالاتر از نقطه تلاقي ضلع غربي حجره شريف با ديوار شمالي بوده است. در واقع، باب جبرئيل فعلي، با دقت در برابر درِ اصلي قرار ندارد و قدري شمالي تر از محل اصلي آن است. باب غربيِ مسجد، باب عاتکه است که در حال حاضر به باب الرحمه مشهور است. نامگذاري اين در به باب رحمت بر پايه حديثي از رسول خدا(صلي الله عليه وآله) است که شخصي از اين در وارد شد و از خداوند طلب نزول باران کرد و پس از هفت روز، به خواسته همان شخص، که از همين در آمده بود، تقاضاي قطع باران شد. در سوّم هم تا پيش از تغيير قبله، در ديواره جنوبي مسجد در ميان محراب حضرت و حجره شريف بود که بعدها با تغيير قبله، به ديوار شمالي منتقل گرديد. گفتني است از زماني که حجراتي در کنار ديواره هاي شرقي، غربي و شمالي مسجد، ساخته شد، از هريک از حجرات، دري نيز به مسجد گشوده شد که صاحب آن خانه، از اين در کوچک، که آن را خوخه نيز مي ناميدند، به مسجد وارد مي گرديد. در سال سوّم هجرت، اندکي پيش از غزوه اُحد، فرماني از سوي رسول خدا(صلي الله عليه وآله) ـ و در واقع از سوي خداوند ـ صادر شد که همه درها بسته شود مگر درِ خانه علي(عليه السلام) سُدُّوا الأبواب إلي المسجد إلاّ باب علي .[١] اين حديث در منابع معتبر اهل سنّت آمده است.[٢]

[١] بحارالأنوار، ج٣٩، ص٢٠
[٢] زيد بن ارقم: کانَ لِنَفَر مِن أصْحاب رَسُول الله(صلي الله عليه وآله) ابواب شارعة في المسجد ; فقال رسول الله يوماً: سُدُّوا الأبواب اِلاّ باب عَليّ . سيوطي رساله اي با عنوان شدّ الأثواب في سدّ الأبواب نگاشته که در کتاب الحاوي للفتاوي (ج٢، ص١٢٠) چاپ شده است. در باره طرق اين حديث نکـ : اهل البيت في المکتبة العربيه، صص ٢٣٥ ـ ٢٢٣