حسني ها در مدينه پايان يافت. از زماني که صلاح الدين ايوبي (٥٤٦ ـ ٥٨٩) فاطميان را برانداخت و موضع ضد علوي و شيعي گرفت، قدرت علويان مدينه و طبعا نفوذ تشيع در اين شهر رو به انحلال رفت. با اين حال روشن بود که به اين سادگي امکان قطع سلطه علويان در مدينه نبود. به ويژه که علويان به سرعت توانستند با صلاح الدين ارتباط برقرار کنند. با اين حال، گاه عباسيان يا ايوبيان، به اجبار اميراني را بر حرمين تحميل مي کردند. تحوّل مهمي که در اين دوره رخ داد، آن بود که صلاح الدين، نسلي از خواجگان را، که از کودکي آنان را از مردي مي انداختند، و بعدها آغاوات نام گرفتند، براي اداره حرم نبوي به وجود آورد. اين افراد لزوما حَبَشي، رومي و يا هندي بودند و کارشان نگاهباني از حرم و اداره امور آن بود. دشواري ديگر آن بود که به تدريج ميان علويان حاکم مدينه که از آل مُهَنا بودند، با اميران علوي مکه درگيري پيش آمد و براي دهها سال اين نزاع ادامه داشت; به طوري که در بسياري از موارد، حقوق زائران پايمال درگيري و جنگ آنان مي شد. اين نيز گفتني است که علويان از لحاظ موضع مذهبي، به گونه اي حرکت مي کردند که با موضع سياسي آنان در ارتباط با حکومت هاي مهم اطراف منافات نداشته باشد. در مدينه، بيشتر رنگ و روي کار مذهبي آنان به روال آيين تشيع بود، در عين حال، به دليل تسلط دولت ايوبي و سپس مملوکي، الزاما در ظاهر بر مذهب تسنن بودند. در قرن ششم و به ويژه هفتم هجري، تسلط شيعيان بر مدينه رو به گسترش نهاد و حتي براي مدتي اداره مسجد النبي نيز در اختيار آنان قرار گرفت. از زماني که مماليک در ميانه قرن هفتم، در مصر به قدرت رسيدند و در اين سوي، دولت عباسي نيز توسط مغولان از ميان رفت، حرمين به نوعي تحت سيطره آنان قرار گرفت; به طوري که ملک بَيْبرس در سال ٦٦٧ به حج آمد. با اين حال، باز حکومت شهر به صورت موروثي در دست يک خاندان علوي باقي ماند. در ميانه قرن هفتم، مدينه در اختيار شيعيان دوازده امامي بود.[١]

[١] نکـ : تحفة الازهار، ج ٢، ص ٣٥٧