مسجد شجره در قرن هشتم دچار خرابي شد، اما همچنان مورد استفاده بود. گويا در بناي اوليه، شبستان و صحن داشته، اما در قرون هشتم و نهم تنها ديواري گرد آن بوده است. اين مسجد در دوره عثماني در سال ١٠٥٨ قمري، به دست يکي از هنديان مسلمان بازسازي گرديد و مناره اي براي آن ساختند. آخرين بازسازي مسجد در روزگار فهد صورت گرفت، منطقه بسيار وسيعي به مسجد و امکانات جانبي مانند پارکينگ اختصاص يافته است، به طوري که جمعاً مساحت آن نود هزار متر مربع مي شود. مساحت خود مسجد حدود ٢٦٠٠٠ متر مربع است. مسجد شجره، يکي از زيباترين معماري ها را در ميان مساجد بازسازي شده مدينه منوره دارد. مسجد مُعرَّس مسجد معرّس در نزديکي مسجد شجره قرار داشت. تعريس به خواب آخرِ شبِ مسافر در استراحتگاه گويند. از آنجا که رسول خدا(صلي الله عليه وآله) در اين مسجد استراحت کرده و نماز صبح را خوانده است، آن را به نام مسجد معرّس مي شناسند. در روايات اهل بيت(عليهم السلام) بيتوته در اين مسجد سفارش شده و حتي برخي از فقهاي شيعه لزوم توقف در اين مسجد را براي کسي که از آنجا عبور مي کند، فتوا داده اند. در مصباح المتهجّد در شمار آداب زائر مدينه آمده است که وقت رسيدن به معرّس پيامبر(صلي الله عليه وآله)، شب باشد يا روز، دو رکعت نماز بگزارد.[١] بنا به برخي نقل ها، حضرت وقت خروج از مدينه از کنار شجره مي گذشت و در وقت ورود، از راه مُعَرّس وارد مي شد.[٢] به نظر مي رسد که دو راه کنار هم بوده که در کنار يکي شجره و در کنار ديگري معرس بوده است.

[١] مصباح المتهجّد، ص ٧٠٩
[٢] صحيح مسلم، ج ٢، ص ٩١٨، ش ١٢٧٥ ; مسند احمد ج ٢، ص ٢٦٣، الحج و العمرة في الکتاب و السنه، ص ٥٩ ويرانه اين مسجد تا سال ١٣٥٤ شمسي بوده است که از آن عکس گرفته شده و در مدينه شناسي مرحوم آقاي محمدباقر نجفي چاپ شده است. با اين حال اکنون بايد يقين داشت که در توسعه جديد، يا در خود مسجد بزرگ شجره است يا ميادين اطراف آن. اُطُم کعب بن اشرف به جز آثار مذهبي، يکي از معدود آثار برجاي مانده در مدينه از پيش از اسلام، قصر کعب بن اشرف از ثروتمندان يهودي است که به دليل تحريکاتش بر ضد اسلام، به دستور رسول خدا(صلي الله عليه وآله) پس از واقعه احد و جريان بيرون راندن بني النضير از مدينه، کشته شد. اين قصر که حالت قلعه گونه دارد، در نزديکي سد بطحان در شارع السدّ در منطقه قبا قرار دارد و بقاياي آن تا به امروز برجاي مانده است. از اين که آيا منطقه باستان شناسي شده است يا نه، آگاهي نيافتم، اما با تابلوي منطقة الآثار روشن مي شود