در سال ٦٥٤ هجري; يعني سه سال پيش از سقوط عباسيان، مسجدالنبي آتش گرفت و صدمات زيادي بر آن وارد شد. خليفه عباسي نتوانست آن را بازسازي کند; زيرا به دست مغولان ساقط شد; اما مماليک مصر معماراني را براي بازسازي آن فرستادند. پس از آن، محمد بن قلاوون از مماليک، سقف هايي در قسمت هاي غربي و شرقي مسجد زد و در سالهاي ٧٠٥ و ٧٠٦، رواق هاي ديگري نيز براي مسجد ساخته شد. با اصلاحات ديگري که صورت گرفت، مسجد صورت نخست خود را بازيافت. در سال ٨٨٦ هجري مجدداً بر اثر صاعقه اي مسجد آتش گرفت. اين بار نيز مماليک مصر کار بازسازي را عهده دار شدند و علاوه بر مسجد، رباط، مدرسه و آشپزخانه اي نيز براي آن بنا کردند. مساحت مسجد در اين تجديد بنا تا ٩٠١٠ متر مربع رسيد. گزارش اين آتش سوزي و بازسازيِ آن توسط مماليک را، يک نويسنده ايراني که خود پس از آتش سوزي به مدينه آمده و اخبار آن را از شاهدان شنيده، نگاشته است.[١] تلاش عثماني ها مرحله بعدي بازسازيِ مسجد، در روزگار عثماني ها و در قرن دهم هجري صورت گرفت. سلطان سليمان عثماني در سال ٩٣٨ در بازسازي مسجدالنبي کوشش هايي کرد; اما اقدام اساسي در سال ١٢٦٥ قمري به دست سلطان عبدالحميد اول (م ١٢٧٧) آغاز گرديد و در طي سيزده سال مسجد به شکلي استوار و در عين حال زيبا بازسازي شد. اين بازسازي، قوي ترين و محکم ترين ساختماني بود که مسجد به خود ديد. پس از آن در روزگار سلاطين بعد از وي نيز، مرتب کار مرمت واصلاح در مسجد ادامه داشته است که گزارش آن را مورخان هر دوره نوشته اند.

[١] اين گزارش جالب در فصلنامه ميقات حج ش ١٠، صص ١١٦ ـ ١٠٦ چاپ شده است.