در صراط مرجعيت است ... [واو] لطمه خواهد ديد ... شما، كلّى سؤال كنيد.[١] برخورد امام در برابر مرجعيت كليه و يا سرپرست حوزه، دقيق‌تر و ظريف‌تر بود. تلاش داشت كه با موضع خويش، ابهت و حرمت ايشان را نشكند و آنان را تصميم گيرنده نهايى معرفى كند. در برابر حضرت آية اللّه بروجردى اين موضع را به وضوح نشان داد. با آن كه در مسائل درونى حوزه و ... با نظراتى كه در بيت مرحوم آية اللّه بروجردى رواج داشت، چندان موافق نبود، اما در برابر مرجعيت كبراى آية اللّه بروجردى، كمال تواضع و خضوع را داشت. حاضر نبود كلامى را بر زبان آورد كه آن موقعيت را تضعيف كند و يا شائبه‌اى از آن را به همراه بياورد. از آن جمله مى‌توان حكايت ذيل را شاهد آورد:

گويا سال ١٣٣٨ بود كه شنيديم به مرحوم آية اللّه بروجردى گفته‌اند: آقا طباطبائى با اين درس مفصل حكمت و فلسفه خود كه به راه انداخته، به حوزه علميه ... ضربت مى‌زنند ... در يكى از همان شب‌ها با دو سه نفر از فضلا خدمت امام رفتيم ... و خلاصه از ايشان خواستيم كه هرطور است با آية اللّه بروجردى ملاقات نموده و اگر بتوانند ايشان را متوجه غرض ورزى‌هاى اطرافيان يا ساده‌انديشان بكنند. امام گفتند: نمى‌شود در اين باره چيزى به آقاى بروجردى گفت. و چون يكى از رفقا اصرار كرد، امام با عصبانيت گفتند: من چه كنم كسانى در منزل آقاى بروجردى هستند كه نمى‌گذارند كارى برايا سالم انجام شود .... و پس از لحظه‌اى كه آرام گرفتند و ما ساكت بوديم، فرمودند: آقاى بروجردى خودشان اهل معقول هستند،

[١] - همان، ج ١، ص ٧٤، خاطرات آقاى دعائى.