الحمد للّه بذرى كه امام صادق عليه السلام افشانده بود، نخشكيد تا بار ديگر در زمان محمد بن نعمان المفيد از حوزه علميه بغداد سر در آورد. در زمان شيخ مفيد، دومين حوزه علميه بزرگِ شيعه در بغداد در محله «كوخ» تأسيس شد.

در حوزه علميه بزرگِ شيعه بغداد، شاگردانى تربيت شدند كه هر كدام از آنها استادانى مشهور و بى همانند شدند.

برخى از اين بزرگان، عبارت‌اند از:

شيخ طوسى، سيد رضى، سيد مرتضى، نجاشى و ابن غضائرى (رحمة الله عليهم اجمعين).

پس از شيخ مفيد، رهبرى حوزه علميه بغداد با شيخ طوسى بود. در حوزه علميه بغداد، كتابخانه‌اى با بيش از ده هزار جلد كتابِ نفيس تأسيس شد.

هنگامى كه دور حكومت به طُغرل‌بيك سلجوقى رسيد او حوزه‌هاى علميه همه مذاهب اسلامى را به آتش كشيد. همه كتابخانه‌هاى شيعه را به آتش كشيد. به خانه شيخ طوسى هم حمله كردند. خانه شيخ طوسى را به آتش كشيدند. اموالش را غارت كردند.

شيخ طوسى هم از بغداد فرار كرد و به نجف آمد.

با آمدنِ شيخ طوسى به نجف، حوزه علميه بغداد افول كرد. شيخ طوسى در قرن پنجم هجرى در حوالىِ سال چهارصد و پنجاه هجرى قمرى، حوزه علميه نجف را در شهر نجف تأسيس كرد.

از هنگامى كه حوزه علميه نجف تأسيس شده است، بركات و خدمات اين حوزه علميه بسيار بيشتر از آن بوده كه قابل بيان باشد.

ما هر چه داريم از اين حوزه هزار ساله شيعه داريم.

در قرن هفتم هجرى، محقق حلّى حوزه حلّه را تأسيس كرد. حوزه حلّه، يكى از حوزه‌هاى علميه شيعه بود. استادانى مانند شهيد، علامه و فخر المحققين در همين حوزه حلّه تربيت شدند.

موسّس حوزه حلّه، مرحوم نجم الدين ابوالقاسم حسن بن جعفر حلّى مشهور به «محقق» بود. حوزه حلّه در دوره فخر المحققين و علامه هم پر رونق بود؛ اما پس از مرگِ علامه، كم كم حوزه حلّه افول كرد.

در تاريخ آمده است كه در درس محقق اول (محقق حلى) در حوزه حلّه، چهارصد دانش‌پژوه شركت مى‌كردند كه همگى مجتهد بودند. يكى از اين چهارصد نفر، مرحوم علامه حلّى بود. اعيان الشيعه در باره حوزه درسىِ محقق حلّى مى‌گويد: «لَمْ يُرَ مِثْلُهُ»؛ يعنى هيچ حوزه‌اى به پُربارىِ آن ديده نشده است.

هنگامى كه حوزه حلّه فعال بود، حوزه نجف هم به فعاليتِ خود ادامه مى‌داد؛ اما با افول حلّه، بار ديگر مركزيتِ حوزه‌هاى علميه به نجف انتقال يافت.

تاريخ فعاليت حوزه علميه قم به سه دوره تقسيم مى‌شود؛ دوره اول، دوره اشعريّون است. اين دوره مربوط به بخشى از قرن اول و بخشى از قرن دوم هجرى مى‌شود.

دوره اول حوزه علميه قم، دوره محدثين بوده است. در اين دوره، حوزه علميه قم سرشار از دانشمندان حديث‌شناس و راويان احاديث بوده است.

در اين دوره، بزرگانى چون زكريا بن آدم، احمد بن محمد بن عيسى و احمد بن محمد برقى در حوزه علميه قم فعاليت مى‌كردند.

پس از دوره اشعريّون، حوزه علميه قم افول كرد.

دوران دوم، شكوفايى حوزه علميه قم،