ديدگاه محقق كركى زمينه ساز تولد نظريه‌هايى شد كه هر يك به گونه‌اى در صدد مشروعيت بخشيدن به نحوه‌اى از حكومت در عصر غيبت بودند. بدين ترتيب، برخى از فقها با توجه به شرايط جديد اجتماعى و سياسى، از ديدگاه رايج فقه شيعه تا آن زمان مبنى بر غاصب و ظالم بودن هر حاكمى در عصر غيبت كه با تأسيس دولت صفوى دچار چالش شده بود، فاصله گرفتند.

نظريه «سلطنت مأذون» يكى از راه‌هاى برون رفت از بحران پديد آمده بود. اين نظريه مبتنى بر ديدگاه ولايت عام براى فقيه جامع الشرايط است؛ ديدگاهى كه محقق كركى آن را مطرح كرد. بر پايه نظريه «سلطنت مأذون»، مجتهد جامع الشرايط كه نايب امام زمان(ع) و داراى ولايت عام است، به سلطان قاهر شيعى اذن حكومت مى‌دهد و موجب مشروعيت سلطنت او مى‌شود. بر همين پايه، شاه طهماسب خطاب به محقق كركى گفت: «تو شايسته‌تر از من به سلطنت هستى؛ زيرا تو نايب امام(ع) مى‌باشى و من از كارگزاران تو هستم و به امر و نهى تو عمل مى‌كنم». او در فرمانى در سال ٩٣٦ همه مردم را به متابعت از حكم محقق كركى ملزم ساخت و سرپيچى كنندگان از اين فرمان را به مؤاخذه شديد تهديد كرد (٧). البته دليل تاريخى وجود ندارد كه كركى چنين اذنى را به شاه طهماسب داده باشد.

شيخ جعفر كاشف الغطاء(١٢٢٧ ق) نيز كه در عصر قاجار زندگى مى‌كرد ـ بنابر نقل شاگردش صاحب جواهر ـ براين عقيده بود كه اگر سلطانى از جانب فقيه جامع الشرايط اذن حكومت داشته باشد، سلطان جور نيست. (٨) او خود نيز چنين اذنى را به فتحعلى شاه داد. (٩)

(٧) خوانسارى، محمد باقر، روضات الجنات، ج٤، ص ٣٦١.
(٨) نجفى، جواهر الكلام، ج٢٢، ص ١٥٦: «بل في شرح الأستاد انّه لو نصب الفقيه المنصوب من الإمام بالإذن العامّ سلطاناً أو حاكماً لأهل الإسلام لم يكن من حكام الجور».
(٩) كاشف الغطاء، جعفر، كشف الغطاء، ج٢، ص ٣٩٤.