ملا صدرا منابع تفسیری فراوانی در اختیار نداشته و بیشتر از «تفسیر کبیر» امام فخر رازی استفاده کرده است و تقریبا شیفته گفته‌های وی- به ویژه در مسائل فلسفی و کلامی و عرفانی- بوده است. گاه نیز از تفسیر «غرائب القرآن و رغائب الفرقان» نظام الدین قمی نیشابوری، مخصوصا در بخش عرفان- آنجا که بر تفسیر کبیر اضافه دارد- بهره گرفته است. البته «تفسیر نیشابوری» خود تلخیصی از «تفسیر کبیر» فخر رازی است با اضافاتی از مسائل عرفانی.
از «تفسیر کشاف» جار اللّه زمخشری به ویژه در نکات ادبی و بلاغی استفاده فراوان کرده که نوعا موارد استفاده‌اش را نام می‌برد، ولی از دو تفسیر پیشین یادی نمی‌کند.
همچنین از تفسیر شریف «مجمع البیان» ابو علی فضل بن الحسن طبرسی، کمال بهره را برده است؛ به ویژه در نقل اقوال مفسران و برخی روایات.
این تفاسیر چهارگانه، تنها مراجع تفسیری بوده که مرحوم صدر الدین شیرازی در اختیار داشته است و تا آنجا که بررسی شده، از تفاسیر دیگری بهره نبرده یا در اختیار نداشته است؛ مگر برخی نوشته‌های عرفانی و فلسفی شایع آن روز.
بیشتر روایات مورد استناد در این تفسیر- قریب به اتفاق- روایات عامه است؛ نه از منابع اصل، بلکه آنها را از منابع دست دوم و از تفاسیر یاد شده گرفته است.
بنابراین دقت زیادی- سندا و متنا- در مراجعه به روایات مربوط انجام نشده است و بیشتر این روایات ضعیف یا غریب هستند؛ و ترک آنها بهتر بود؛ آنهم از شخصیتی مانند این حکیم الهی و فرزانه.
برای نمونه، حدیث «جفّ القلم ...» مکررا مورد استناد مفسر محترم قرار گرفته است؛ [١] که در منابع شیعی بی‌سابقه است و به گونه دیگری آمده است: حمیری از امام علی بن موسی الرضا علیه السّلام روایت می‌کند که فرمود: «جفّ القلم بحقیقة الکتاب من اللّه بالسعادة لمن آمن و اتّقی، و الشقاء لمن کذّب و عصی» [٢]؛ این قلم، قلم تکلیف

[١] از جمله، در تفسیر سوره سجده، ذیل آیه ٤، درج ٦، ص ٣٣ و در تفسیر سوره واقعه، ص ١٢ و در ج ١، ص ٣٠١، (الرد علی المعتزله) ذیل آیه «إِنَّ الَّذِینَ کَفَرُوا سَواءٌ عَلَیْهِمْ ...» بقره ٢: ٧.
[٢] قرب الاسناد، ص ١٥٦.